Farah Khan lahir pada 9 Januari 1965. Ibunya Menaka adalah saudari dari penulis latar Honey Irani dand mantan aktor cilik Daisy Irani.
Saudara Farha Sajid Khan adalah seorang komedian, aktor dan sutradara. Pemeran film Farhan Akhtar dan Zoya Akhtar adalah sepupu Farah.
Farah Khan menikah dengan Shirish Kunder, penyunting filmnya Main Hoon Na,[2] pada 9 Desember 2004. Mereka sejak itu berkarya bersama-sama pada setiap film lainnya, seperti Jaan-E-Mann, Om Shanti Om, dan Tees Maar Khan. Khan melahirkan kembar tiga pada 2008; satu putra dan dua putri.
