Setelah misi utama diselesaikan, MSG diperintahkan memfoto objek tujuan lainnya. Pada tanggal 2 November2006, wahana ini gagal menanggapi pesan dan komando. Sebuah sinyal yang lemah menandakan bahwa wahana itu telah sampai ke "mode aman 3 hari kemudian. Percobaan komunikasi berikutnya dengan Mars Global Surveyor gagal, dan secara resmi proyek ini diakhiri pada bulan Januari 2007.
Pada tanggal 6 Desember2006, NASA meluncurkan gambar kawah Terra Sirenum dan Centauri Montes, yang dipercaya menjadi pertanda adanya air mengalir di Mars selama 5 tahun terakhir[1] Gambar-gambar yang dipetakan oleh Mars Global Surveyor itu diambil antara tahun 1999-2001, dan kemungkinan menjadi sumbangan terakhir wahana itu tentang pengetahuan kita atas Mars dan apakah di sana ada kehidupan.
