Di Liga Nusantara 2016 zona Sulawesi Utara, Persma Manado 1960 tergabung dalam grup A1 bersama PS Manado, PS Bank Sulut, dan Persis Sangihe. Semua pertandingan diadakan di Stadion Klabat Manado. Persma Manado 1960 berhasil menjadi pimpinan klasemen grup A1 dengan 2 kali menang dan 1 kali imbang. Di babak kedua (6 Besar) Persma Manado 1960 tergabung dalam satu grup yang berisikan Persmin Minahasa dan Bintang Muda Matali Bolaang Mongondow dan berhasil memborong 2 kemenangan.
Di babak semi final, Persma Manado 1960 menjalani pertandingan yang cukup sengit namun cukup unik. Pada menit ke 12 Persbit Bitung mampu unggul lebih dulu melalui pemain nomor punggung 9 Christonus Madeole, dua menit berselang Persma Manado 1960 mampu samakan kedudukan lewat penyerang nomor Delvin Taplo. Hingga berakhir waktu normal kedua tim tak mampu menambah gol. Sehingga pertandingan harus lanjutkan dengan babak perpanjangan waktu, hingga pluit panjang babak kedua perpanjangan waktu berbunyi skor tak berubah 1:1 untuk kedua.
Dalam adu penalti Pemain Persma Manado 1960 nomor punggung 17 Jecky Runtulalo harus menjadi penjaga gawang karena kiper utama mengalami cidera, meski demikian Persma Manado 1960 berhasil mengungguli Persbit Bitung dalam babak tos - tosan tersebut dan lolos ke babak final.[1]
Di pertandingan final zona Sulawesi Utara pada saat unggul 2-0, Persmin walk out dengan alasan wasit berpihak kepada Persma Manado 1960. PSSI memberikan hukuman berupa "hadiah" 3 gol untuk Persma 1960.[2] Persma Manado 1960 berhasil menjadi juara Liga Nusantara 2016 Zona Sulawesi Utara dan menjadi wakil Sulawesi Utara dalam Liga Nusantara 2016 Nasional.
Di Liga Nusantara 2016 Nasional, kegemilangan Persma Manado 1960 yang diperlihatkan di sepanjang Liga Nusantara 2016 zona Sulawesi Utara tidak dapat berlanjut. Dalam pertandingan yang diadakan di Kota Semarang dan sekitar, Persma Manado 1960 tidak berdaya. Persma Manado 1960 disingkirkan oleh juara grup Persikotas Tasikmalaya serta tim yang dikirim Universitas Halu Oleo, UHO FC. Babi Rusa hanya sanggup menghuni peringkat 3 grup, mengantongi 1 kemenangan dan 2 kekalahan.
Di Musim 2016, Persma Manado 1960 menempatkan Novrie Kasalang sebagai top skorer. Novrie Kasalang yang berposisi sebagai Bek Sayap berhasil mengungguli Striker yang digadang - gadang menjadi mesin gol Persma Manado 1960 seperti Delvin Taplo, Alfian Malingkas, Roberto Sauyai, dan Fransiskus Mumpo.
Skuad
Catatan: Bendera menunjukkan tim nasional sesuai dengan peraturan FIFA. Pemain dapat memiliki lebih dari satu kewarganegaraan non-FIFA.
Hasil Pertandingan
Zona Sulawesi Utara
(*) Persmin walk out ketika tertinggal 0-2, PSSI memberikan hukuman 3 gol untuk Persma 1960[2]
Nasional
Per pertandingan yang dimainkan pada 25 November 2016. Sumber:
ISCKriteria penentuan peringkat: 1) points; 2) head-to-head; 3) goal difference; 4) number of goals scored.
Pranala luar
Referensi