Republik Mulhausen (bahasa Prancis: République de Mulhouse, bahasa Jerman: Stadtrepublik Mülhausen) adalah sebuah negara-kota di Eropa Barat yang terletak di Alsace selatan. Wilayahnya berada di kota Mulhouse dan sekitarnya. Mereka menerapkan sistem republik pada tahun 1347 setelah memilih bourgmestre pertama mereka. Negara ini awalnya tunduk kepada Kekaisaran Romawi Suci. Seusai Perang Enam Deniers pada tahun 1466-1468, mereka berupaya memutuskan hubungan secara perlahan dengan wilayah Alsace lainnya agar dapat berhubungan lebih erat dengan Konfederasi Swiss, dan mereka juga memperoleh kemerdekaan secara de facto. Pada tahun 1515, mereka memperoleh kemerdekaan penuh dan tergabung dalam persekutuan dengan Swiss
Pada tahun 1529, Reformasi Protestan berhasil menjadikan agama Protestan sebagai agama satu-satunya di negara ini. Semenjak tahun 1746, negara ini menjadi salah satu pemrakarsa Revolusi Industri.
Di bawah tekanan militer Prancis, rakyat Mulhausen memilih untuk bersatu dengan Prancis pada tanggal 15 Maret 1798. Meskipun begitu, kota ini pada saat itu merupakan sebuah kota industri yang kuat dan sejahtera yang menjadi salah satu pendorong Revolusi Industri di Eropa.
