اعتبرت الحكومة المركزية مشروع بيافرا بأنه حركة انفصال، فأصدرت الأوامر إلى القوات العسكرية بالتوجه إلى إنوغو عاصمة الإقليم الشرقي لإنهاء الحكم الانفصالي بعد أن اتهمت بريطانياوالولايات المتحدة بتقديم التسهيلات لتجار السلاح الغربيين بتزويد حكومة بيافرا الانفصالية بالمعدات الحربية والأسلحة. بدأت الحرب بين الفريقين في 30 يونيو من عام 1967 وأحرزت في البداية القوات الانفصالية التقدم في الإقليم الغربي. لكن القوات الإتحادية تغلبت في النهاية وانهارت المقاومة الانفصالية في سبتمبر من عام 1969 وأخذت قوات بيافرا تتراجع وباتت لا تسيطر على أكثر من 8 الآف كلم² خصوصاً أن الإقليم الشرقي استقبل مايزيد على المليون من الإيبو الذين فروا من سائر أنحاء البلاد،[4] ودخل الإتحاديون مدينة إينوغو في 10 يناير سنة 1970 وغادر زعيم الانفصالين (أوجوكو) البلاد واستسلم الانفصاليون. ظهر أوجوكو بعد أسبوع في ساحل العاج وهي إحدى الدول الإفريقية التي اعترفت بدولة بيافرا الانفصالية إضافة إلى جنوب أفريقياوروديسيا[5] كما أن فرنسا كانت تعطف على الحركة الانفصالية وتسعى لدعمها. قطعت نيجيريا علاقاتها مع هذه الدول ثم استؤنفت في اكتوبر سنة 1971 م.
بدأت المؤسسات الغربية والتبشيريةتتحدث عن المذابح الجماعية وعن المجاعات في الإقليم الشرقي وأذاعت أنه قد مات بالحرب والمجاعة مابين 500,000 إلى مليون شخص جلهم من قبائلالإيبو، وبدأت ترسل المساعدات إلى الإقليم الشرقي، وأعلن (غاون) أن نيجيريا ترفض هذه المساعدات أنها ستتكفل بالأمر وأن كل ما تتحدث به الدوائر الأجنبية إنما هو عار عن الصحة وليس هناك من مجاعة بالشكل الواسع الذي تصوره الدعايات والأذاعات وأن عفواً سيصدر عن الذين غرر بهم واشتركوا بحركة الانفصال.[6]