بدأ مسيرته الكروية مع نادي فيتوريا في عام 1995، ولعب معهم حتى عام 1998، وشارك معهم في 22 مباراة، وفي موسم 1998/1999 لعب مع نادي فيلغويراس، وشارك معهم في 33 مباراة، وفي موسم 1999/2000 انتقل إلى نادي فيتوريا، شارك معهم في 30 مباراة وسجل هدفين، وفي موسم 2000/2001 انتقل إلى نادي بنفيكا، ولعب معهم 46 مباراة وسجل هدفين، ومنذ عام 2001 وهو يلعب مع نادي شتوتغارت الألماني.
لعب فرناندو ميرا خلال مسيرته الاحترافية مع 7 أندية في تسعة عشر موسمًا وسجل خلالها 16 هدفًا ضمن 372 مباراة. حيث فاز في موسم واحد بالكأس وفي ثلاثة مواسم بالدوري.
خاض فرناندو ميرا مسيرته مع نادي فيتوريا دي غيماريش في موسم 1995–96 في المرة الأولى واستمر معه طيلة ثلاثة مواسم ثم في موسم 1999–00 لمدة موسم واحد، مشاركًا طوالها في 53 مباراة سجل خلالها هدفين. ثم انتقل إلى F.C. Felgueiras [الإنجليزية] في موسم 1998–99 لمدة موسم واحد، حيث شارك في 33 مباراة ولم يسجل أي هدف. لينتقل بعدها إلى نادي بنفيكا في موسم 2000–01 ولمدة موسمين، مشاركًا في 46 مباراة سجل خلالها هدفين. ثم انتقل إلى نادي شتوتغارت في موسم 2001–02 ليلعب معه سبعة مواسم، مشاركًا في 173 مباراة سجل خلالها 11 هدفًا. هذا وانتقل لاحقًا إلى نادي غلطة سراي في موسم 2008–09 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 21 مباراة ولم يسجل أي هدف. ثم انتقل بعدها إلى نادي زينيت سانت بطرسبرغ في موسم 2009 واستمر معه طيلة ثلاثة مواسم، مشاركًا في 34 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا. ليعود وينتقل من جديد، لكن هذه المرة إلى نادي ريال سرقسطة في موسم 2011–12 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 12 مباراة ولم يسجل أي هدف.[5]
