تأسست الشركة أواخر عام 1965 تحت اسم ترانسافيا ليمبورغ. تم تغيير اسمها إلى هولندا ترانسافيا عام 1966، وبدأت عملياتها في 17 نوفمبر 1966. في عام 1986، تم تغيير اسم الشركة إلى شركة طيران ترانسافيا، وأصبحت أول شركة طيران مستفيدة من تحرر حركة الملاحة الجوية الموقعة بين حكومتي المملكة المتحدةوهولندا . بدأت ترانسافيا تشغيل خدماتها اليومية بين أمستردام عبر مطار سخيبول أمستردامومطار لندن جاتويك في 26 أكتوبر 1986.
خلال عام 1991، قامت بي آند أو نيدلود وهي المالك الأكبر للشركة ببيع حصة 80 ٪ لشركة الخطوط الجوية الملكية الهولندية. وفي عام 1998 ، اعتبرت ترانسافيا أول شركة طيران أجنبية تقوم بتسيير رحلات داخلية في اليونان في أعقاب تغيير قواعد الطيران اليونانية. وفي يونيو2003 ،اشترت كي إل أم الحصة الباقية وهي20 ٪ ، وأصبحت بالتالي المالك الوحيد لترانسافيا. وبعد الاندماج بين كل من الخطوط الفرنسية والخطوط الهولندية، أصبحت ترانسافيا فرعا مستقلا عن الشركة المندمجة. خلال عام 2000، تعاقدت مع بازيك إير وأصبحت إحدى المؤسسات ذات التكلفة المنخفضة. ولتعزيز علامتها التجارية، اندمجت كل من ترانسافيا وبازيك إير تحت اسم ترانسافيا.كوم، وكان ذلك عام 2005.
اختارت ترانسافيا مدينة آيندهوفن كمركز ثالث للاتصالات بعد أمسترداموروتردام. وفي فبراير 2007، افتتحت فرعا في مطار أورلي بباريس، وبدأت بتسيير رحلاتها في 12 مايو2007 وأولها كانت باريس-بورتو.