Share to: share facebook share twitter share wa share telegram print page

COL1A1

COL1A1
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

3GXE, 1Q7D, 2LLP, 3EJH

Identifikatori
AliasiCOL1A1
Vanjski ID-jeviOMIM: 120150 MGI: 88467 HomoloGene: 73874 GeneCards: COL1A1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 17 (čovjek)
Hrom.Hromosom 17 (čovjek)[1]
Hromosom 17 (čovjek)
Genomska lokacija za COL1A1
Genomska lokacija za COL1A1
Bend17q21.33Početak50,184,101 bp[1]
Kraj50,201,632 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 11 (miš)
Hrom.Hromosom 11 (miš)[2]
Hromosom 11 (miš)
Genomska lokacija za COL1A1
Genomska lokacija za COL1A1
Bend11 59.01 cM|11 DPočetak94,827,050 bp[2]
Kraj94,843,868 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije




Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija vezivanje iona metala
vezivanje identičnih proteina
platelet-derived growth factor binding
extracellular matrix structural constituent
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
protease binding
extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength
Ćelijska komponenta endoplasmic reticulum lumen
citoplazma
Golđijev aparat
Endoplazmatski retikulum
collagen
secretory granule
GO:0005578 Vanćelijski matriks
Vanćelijsko
collagen type I trimer
extracellular region
collagen-containing extracellular matrix
Biološki proces cellular response to tumor necrosis factor
Koagulacija (krv)
tooth eruption
response to mechanical stimulus
response to corticosteroid
negative regulation of cell-substrate adhesion
response to steroid hormone
extracellular matrix organization
osteoblast differentiation
collagen fibril organization
skin morphogenesis
bone trabecula formation
Zarastanje rana
skin development
intramembranous ossification
positive regulation of cell migration
tooth mineralization
cellular response to epidermal growth factor stimulus
cellular response to fibroblast growth factor stimulus
response to estradiol
collagen catabolic process
response to cAMP
cellular response to vitamin E
response to fluoride
cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis
sluh
response to peptide hormone
cellular response to retinoic acid
cellular response to transforming growth factor beta stimulus
regulation of immune response
cellular response to fluoride
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
leukocyte migration
collagen biosynthetic process
protein heterotrimerization
cellular response to amino acid stimulus
endochondral ossification
response to hyperoxia
face morphogenesis
protein transport
response to nutrient
platelet activation
Vid
positive regulation of epithelial to mesenchymal transition
response to hydrogen peroxide
embryonic skeletal system development
skeletal system morphogenesis
ossification
response to nutrient levels
positive regulation of canonical Wnt signaling pathway
protein localization to nucleus
cellular response to mechanical stimulus
skeletal system development
blood vessel development
collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_000088

NM_007742

RefSeq (bjelančevina)

NP_000079

NP_031768

Lokacija (UCSC)Chr 17: 50.18 – 50.2 MbChr 11: 94.83 – 94.84 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Kolagen tipa I, alfa 1, znan i kao alfa-1 kolagen tip I , je protein koji je kod ljudi kodiran genom COL1A1. COL1A1 kodira glavnu komponentu kolagena tipa I, vlaknastog kolagena većine vezivnih tkiva, uključujući i hrskavicu.

Funkcija kolagena uključuje krutost i elastičnost.

Gen

Gen COL1A1 nalazi se na dugom (q) kraku hromosoma 17 između položaja 21.3 i 22.1, od baznog para 50,183.289 do baznog para 50,201.632.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.464 aminokiseline, a molekulska težina 138.941 Da.[5].

Simboli
1020304050
MFSFVDLRLLLLLAATALLTHGQEEGQVEGQDEDIPPITCVQNGLRYHDR
DVWKPEPCRICVCDNGKVLCDDVICDETKNCPGAEVPEGECCPVCPDGSE
SPTDQETTGVEGPKGDTGPRGPRGPAGPPGRDGIPGQPGLPGPPGPPGPP
GPPGLGGNFAPQLSYGYDEKSTGGISVPGPMGPSGPRGLPGPPGAPGPQG
FQGPPGEPGEPGASGPMGPRGPPGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGPQ
GARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGSPGENGAPGQ
MGPRGLPGERGRPGAPGPAGARGNDGATGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAVG
AKGEAGPQGPRGSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGAN
GAPGIAGAPGFPGARGPSGPQGPGGPPGPKGNSGEPGAPGSKGDTGAKGE
PGPVGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPTGLPGPPGERGGPGSRGFPGADG
VAGPKGPAGERGSPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGLTGSPGSPGPD
GKTGPPGPAGQDGRPGPPGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKAGERGV
PGPPGAVGPAGKDGEAGAQGPPGPAGPAGERGEQGPAGSPGFQGLPGPAG
PPGEAGKPGEQGVPGDLGAPGPSGARGERGFPGERGVQGPPGPAGPRGAN
GAPGNDGAKGDAGAPGAPGSQGAPGLQGMPGERGAAGLPGPKGDRGDAGP
KGADGSPGKDGVRGLTGPIGPPGPAGAPGDKGESGPSGPAGPTGARGAPG
DRGEPGPPGPAGFAGPPGADGQPGAKGEPGDAGAKGDAGPPGPAGPAGPP
GPIGNVGAPGAKGARGSAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNAGPPGPPGP
AGKEGGKGPRGETGPAGRPGEVGPPGPPGPAGEKGSPGADGPAGAPGTPG
PQGIAGQRGVVGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGPSGASGERGPPGPM
GPPGLAGPPGESGREGAPGAEGSPGRDGSPGAKGDRGETGPAGPPGAPGA
PGAPGPVGPAGKSGDRGETGPAGPTGPVGPVGARGPAGPQGPRGDKGETG
EQGDRGIKGHRGFSGLQGPPGPPGSPGEQGPSGASGPAGPRGPPGSAGAP
GKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDAGPVGPPGPPGPPGPPGPPSAGFDFSF
LPQPPQEKAHDGGRYYRADDANVVRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEG
SRKNPARTCRDLKMCHSDWKSGEYWIDPNQGCNLDAIKVFCNMETGETCV
YPTQPSVAQKNWYISKNPKDKRHVWFGESMTDGFQFEYGGQGSDPADVAI
QLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQQTGNLKKALLLQGSNEIEIRA
EGNSRFTYSVTVDGCTSHTGAWGKTVIEYKTTKTSRLPIIDVAPLDVGAP
DQEFGFDVGPVCFL

Funkcija

Kolagen je protein koji jača i podržava mnoga tkiva u tijelu, uključujući hrskavicu, kosti, tetive, koža i bijeli dio oka (bionjača). Gen COL1A1 proizvodi komponentu kolagena tipa I, koja se naziva lanac pro-alfa1 (I). Ovaj lanac se kombinira s drugim lancem pro-alfa1 (I), a također i s lancem pro-alfa2 (I) (kojega proizvodi gen COL1A2) dajući molekulu prokolagena tipa I. Te trolančane molekule prokolagena nalik užadi moraju enzimi obrađivati izvan ćelije. Kada se ovt molekule obrade, raspoređuju se u dugačke, tanke fibrile koje se međusobno ukrštaju u prostorima oko ćelija. Poprečne veze rezultiraju stvaranjem vrlo jakih zrelih kolagenskih vlakana tipa I.

Klinički značaj

Mutacije u genu COL1A1 povezane su sa sljedećim stanjima:

  • Ehlers-Danlosov sindrom, vaskularni tip: U rijetkim slučajevima, specifične heterozigotne supstitucijske mutacije arginina-cisteina u COL1A1 koje su također povezane s krhkošću krvnih žila i oponašaju COL3A1-vEDS
  • Ehlers-Danlosov sindrom, artrohalazija tip je uzrokovan mutacijama u genu COL1A1. Mutacije u genu COL1A1 koje uzrokuju ovaj poremećaj upućuju ćeliju da izostavi dio lanca pro-alpha1 (I) koji sadrži segment koji se koristi za vezanje jedne molekule za drugu. Kada ovaj dio proteina nedostaje, struktura kolagena tipa I je ugrožena. Ova promjena utiče na tkiva bogata kolagenom tipa I, poput kože, kostiju i tetiva. Ehlers-Danlos tip IV najviše se pripisuje abnormalnostima u mrežastim vlaknima (kolagen tip III).
  • Ehlers-Danlosov sindrom, klasični tip: U rijetkim slučajevima se pokazalo da mutacija gena COL1A1 uzrokuje klasični tip Ehlers-Danlosovog sindroma. Ova mutacija zamjenjuje aminokiselinu cistein za arginin na poziciji 134, u proteinu kojeg je kreirao gen. (Mutacija se može napisati i kao Arg134Cys.) Izmijenjeni protein abnormalno komunicira s drugim proteinima koji grade kolagen, remeti strukturu kolagenih vlakana tipa I i ostavlja kolagen u ćeliji. Vjeruje se da ove promjene u kolagenu uzrokuju znakove i simptome poremećaja. Ehlers-Danlos tip IV najviše se pripisuje abnormalnostima u mrežastim vlaknima (kolagen tip III). Bez hidroksilacije lizina, pomoću enzima lizil hidroksilaza, ne može nastati konačna struktura kolagena.
  • Osteogenesis imperfecta, tip I: Osteogenesis imperfecta je najčešći poremećaj uzrokovan mutacijama ovog gena. Mutacije koje inaktiviraju jednu od dvije kopije gena COL1A1 uzrokuju osteogenezu imperfecta tipa I. Mutirana kopija gena ne stvara nikakve lance kolagena pro-alpha1 (I). Budući da samo jedna kopija gena usmjerava ćeliju na stvaranje pro-alfa1 (I) lanaca, čelije ljudi s ovim poremećajem stvaraju samo polovinu normalne količine kolagena tipa I, što rezultira krhkošću kostiju i drugim simptomima.
  • Osteogenesis imperfecta, tip II: Osteogenesis imperfecta tipa II može prouzrokovati mnogo različitih tipova mutacija u genu COL1A1. Te mutacije kreću se od nedostajućih dijelova gena COL1A1 do supstitucija aminokiselina, u kojima je aminokiselinski glicin zamijenjen drugom aminokiselinom u lancu proteina. Ponekad se promijeni jedan kraj gena (koji se naziva C-kraj), što ometa povezivanje proteinskih lanaca. Sve ove promjene sprečavaju normalnu proizvodnju zrelog kolagena tipa I, što rezultira ovim teškim stanjem.
  • Osteogenesis imperfecta, tip III: Mutacije u genu COL1A1 mogu rezultirati proizvodnjom proteina kojem nedostaju segmenti, što ga čini neupotrebljivim za proizvodnju kolagena. Druge mutacije uzrokuju da aminokiselina glicin bude zamijenjena drugom aminokiselinom u lancu pro-alpha1 (I), koja inhibira bitnu interakciju između proteinskih lanaca. Proizvodnja kolagena tipa I inhibirana je nemogućnošću izmijenjenih niti kolagena da povežu i formiraju trolančanu strukturu zrelog kolagena nalik užetu. Te promjene negativno utiču na tkiva bogata kolagenom tipa I, poput kože, kostiju, zuba i tetiva, što dovodi do znakova i simptoma osteogenesis imperfecta tipa III.
  • Osteogenesis imperfecta, tip IV: Osteogenesis imperfecta tipa IV uzrokuje nekoliko različitih tipova mutacija u genu COL1A1. Ove mutacije mogu uključivati nedostajuće dijelove gena COL1A1 ili promjene u baznim parovima (građevni blokovi DNK). Ove izmjene gena rezultiraju proteinom kojem nedostaju segmenti ili ima zamjenu aminokiselina; konkretno, aminokiselina glicin zamijenjena je drugom aminokiselinom. Sve ove promjene ometaju stvaranje zrele trolančane molekule kolagena i sprečavaju proizvodnju zrelog kolagena tipa I, što rezultira ovim stanjem.
  • Osteoporoza: Osteoporoza je stanje koje čini kosti progresivno krhkijim i sklonijim lomljenju. Čini se da određena varijacija (polimorfizama) u genu COL1A1 povećava rizik od razvoja osteoporoze. Pokazalo se da je specifična varijacija na Sp1 u mjestu vezanja povezana s povećanim rizikom od male koštane mase i kičmenih fraktura, zbog promjena proteina COL1A1 proizvedenog iz jedne kopije gena. Nekoliko studija je pokazalo da žene sa ovom određenom genetičkom varijacijom na mjestu Sp1 imaju veću vjerovatnoću da imaju znakove osteoporoze nego žene bez varijacije.
  • Predispozicija za hernije.[6]
  • Predispozicija za degenerativnu bolest diska i diskus herniju.[7]

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000108821 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000001506 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "UniProt, P02452". Pristupljeno 24. 6. 2021.
  6. ^ Sezer, S.; Şimşek, N.; Celik, H. T.; Erden, G.; Ozturk, G.; Düzgün, A. P.; Çoşkun, F.; Demircan, K. (2014). "Association of collagen type I alpha 1 gene polymorphism with inguinal hernia - PubMed". Hernia : The Journal of Hernias and Abdominal Wall Surgery. 18 (4): 507–12. doi:10.1007/s10029-013-1147-y. PMID 23925543. S2CID 22999363.
  7. ^ Kawaguchi, Y. (2018). "Genetic background of degenerative disc disease in the lumbar spine". Spine Surgery and Related Research. 2 (2): 98–112. doi:10.22603/ssrr.2017-0007. PMC 6698496. PMID 31440655.

Dopunska literatura

Vanjski linkovi

Kembali kehalaman sebelumnya