Nakon Drugog svjetskog rata, u Bosni i Hercegovini je uspostavljena prva prijevozna organizacija pod nazivom "DASP" - "Državno automobilsko saobraćajno preduzeće", koje je kasnije ime promijenilo u "Autoprevoz". Autoprevoz je održavao redovne autobuske linije iz Sarajeva za Zvornik, Banja Luku, Kalinovik, Fojnicu i Kreševo. Također, početkom pedesetih godina je formirano transportno preduzeće "Udarnik", koje je obavljalo prijevoz na brojnim lokalnim i federalnim linijama, povezujući Sarajevo s Beogrado, Ulcinjom, Dubrovnikom, Zagrebom, Novim Sadom, Tuzlom i drugim važnim gradovima u SFRJ.
Prvog januara 1963. spajanjem "Autoprevoza", "Udarnika" i "Drvotransporta" (kamionskog prevoznika) formira se preduzeće "Centrotrans" koje je preuzelo potpuni prijevoz putnika na području tadašnje Bosne i Hercegovine.
6. aprila 1968. Centrotrans je otvorio Autobusku stanicu Sarajevo, čime je međugradski autobuski promet odvojen od gradskog autobuskog i tramvajskog saobraćaja. Centrotrans također uspostavlja radne jedinice u Doboju, Rogatici, Višegradu, Goraždu, Foči, Kaknju, Visokom i Olovu.
Centrotrans je u periodu od nastanka do 1992. nabavljao autobuse marke TAM i SANOS, te autobuse marke Mercedes-Benz koji su proizvedeni u SANOS-ovim fabrikama.f
Tokom rata u Bosni i Hercegovini Centrotrans je pretrpio velike gubitke, te je 256 autobusa uništeno ili ukradeno, 183 radnika je ranjeno, a 60 ih je ubijeno.
U 1994. godini, Centrotrans je kupio šest Mercedesa O303 i jedan O305, koji je uništen tokom rata, ali je bio zamjenjen donacijom. Nakon toga je kupljeno još 10 autobusa. U 1995. godini kupljeno je još 33 autobusa. U periodu od 1996. do 2000. kupljeno je ukupno 129 vozila - 30 Van Hool gradskih autobusa, 24 Steyr prigradska autobusa, 20 Gräf & Stift prigradskih autobusa, 23 Neoplan turistička autobusa, 13 Setra turistička autobusa, 8 MAN turističkih autobusa, tri Ikarusa i dva Mercedes-Benz autobusa.
Od 1997. do 2017. Centrotrans je bio član međunarodne organizacije autobuskih prevoznika - Eurolines. Od 2017. Centrotrans je jedan od prevoznika koji radi u kooperaciji sa Flixbusom.
Od 2002. kada je uspostavljena firma Sejari d.o.o. Sarajevo, Centrotrans je u njenom većinskom vlasništvu.
Od 2010. Centrotrans vozi na gradskim linijama unutar Kantona Sarajevo, te od 2013. počinje voziti na većem broju linija. Na linijama se vozi na komercijalnom principu - bez mjesečnih karti i povlastica za određene kategorije putnika. Na gradskim linijama uvodi mjesečne karte i povlastice za određene kategorije putnika s elektronskim čitačem karti.