Osnovnu školu je pohađao u Studencima i Ljubuškom, a klasičnu gimnaziju u Zagrebu. Teologiju je studirao u Sarajevu (1973-1980). godine, a zaređen je za svećenika 29. juna 1980. Doktorirao je na papinskom Orijentalnom institutu u Rimu (1988-1991.) disertacijom o odnosima između katolika i pravoslavnih u Bosni i Hercegovini 1878-1903. Od 1991. profesor je na Vrhbosanskoj katoličkoj teologiji (današnjem Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Sarajevu), a predavao je i na raznim teološkim ustanovama u Zagrebu, Dubrovniku i Mostaru. Bio je direktor Teološkog instituta u Mostaru (1991-1994.), te vicerektor Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa (1993-1998). Vršio je razne službe u crkvenim sudovima u Mostaru i u Sarajevu.[1]
Od 2009. bio je generalni vikar Mostarsko-duvanjske i Trebinjsko-mrkanske biskupije. Prvim vojnim ordinarijem u Bosni i Hercegovini imenovao ga je papa Benedikt XVI. 1. februara 2011. Zaređen je za biskupa 2. aprila 2011. u Mostaru.[1]Papa Franjo ga je imenovao nadbiskupom koadjutorom vrhbosanskim 22. januara 2020, a 29. januara 2022. vrhbosanskim nadbiskupom, čime Vukšić preuzima tu dužnost od dotadašnjeg nadbiskupa Vinka Puljića.[2]
Bibliografija
Međusobni odnosi katolika i pravoslavaca u Bosni i Hercegovini (1878. – 1903.) (Teološki institut Mostar, Mostar 1994. Prevod sa knjige prvobitno izdane na italijanskom 1991.)
Katoličanstvo u Bosni i Hercegovini (HKD Napredak, Sarajevo 1993., Sarajevo 1997., koautor)