Mosharrafa era fill d'un ric terratinent i industrial del cotó que es va arruinar durant la crisi de l'any 1907 i va morir el 1910, quan Mosharrafa només tenia dotze anys. La família es va traslladar al Caire, on va fer brillantment els estudis secundaris i, després, es va graduar a l'Escola de Professorat el 1917, amb tan bons resultats en matemàtiques que el govern egipci el va enviar a Anglaterra per completar la seva formació. Va estudiar a la universitat de Nottingham des de 1917 fins a 1920, obtenint el graduat en matemàtiques. A partir de 1920 va estudiar al King's College de Londres en el qual va aconseguir el doctorat el 1923.[1]
En tornar a Egipte, va ser professor de l'Escola de Professorat fins al 1925 en que va ser nomenat professor de la recent creada universitat del Caire en la qual va romandre fins a la seva sobtada mort el 1950. A partir de 1936 va ser degà de la facultat de ciències.[2] Malgrat els rumors que havia estat assassinat pel Mossad[3] o, potser, pel mateix rei egipci, Faruk I, és mes raonable pensar que va morir per causes naturals, segons va afirmar la seva família.[4]
Els seus primer treballs van ser sobre teoria quàntica i van ser continuats per una sèrie de treballs de física matemàtica.[5] El 1937 va ser un dels fundadors de la Societat Física i Matemàtica Egipcia. Va publicar també llibres de text i va traduir importants obres europees, fent aportacions significatives al lèxic científic de l'àrab contemporani.[6]
Va ser nomenat paixà pel rei, però no va utilitzar mai aquest títol, ja que considerava molt més honorable el de doctor en ciències.
O'Connor, John J.; Robertson, Edmund F. «Ali Mustafà Mosharrafa» (en anglès). MacTutor History of Mathematics archive. School of Mathematics and Statistics, University of St Andrews, Scotland.