Segons una tradició, l'església de Siracusa es troba entre les més antigues de la cristiandat. Aquesta tradició es basa, però, en una font poc creïble, un manuscritromà d'Orient dels segles vii-viii que es refereix a sant Marcià. Segons aquest manuscrit, Marcià hauria estat enviat per Sant Pere d'Antioquia a Siracusa al 39 i al 40, i Siracusa seria el segon bisbat més antic, després del d'Antioquia. Aquesta tradició va ser confirmada pel Papa Lleó X en què un breu va escriure: «.. cum, Accepimus sicut, Syracusana Ecclesia, aquí secunda missatge Antiochenam cat asseritur Crist. » ("... Perquè, com acceptem, l'Església de Siracusa es considera la segona consagrada a Crist, després de la d'Antioquia").
Al 61Pau de Tars va aturar-se tres dies a Siracusa mentre que viatjava cap a Roma.[1]
Les primeres proves arqueològiques del cristianisme siracusià són d'inicis del segle iii. Es tracta de les catacombes de santa Llúcia i santa Maria del Jesús.
A inicis del segle vi el bisbe Eulali acollí a la ciutat a Fulgenci de Ruspe i participà en els sínodes romans del 501 i del 503, on va ser el quart en orde de precedència, després dels bisbes de Roma, Milà i Ravenna.
Gregori el Gran va fer del bisbe Massiminià el seu vicari per a tota Sicília i s'interessà molt pels monestirs de Siracusa: san Nicolò, san Pietro ad Bajas, santa Lucia i el monestir de la Capitulana.
Encara al 680, a un document del papaAgató, se senyalà a Siracusa com la diòcesi més important de Sicília, i entre els segles viii i ix el patriarcat de Constantinoble li concedí el títol de metropolità de tota Sicília.
Al 860, el Papa Nicolau I reclamà per a la Santa Seu el dret de consagrar l'arquebisbe de Siracusa.
Poc després s'inicià la dominació àrab, que s'estengué entre el 21 de maig de 878 fins al 1086.
Després de la conquesta àrab, l'arquebisbe va ser deportat a Palerm i l'església de Siracusa també tenia els seus màrtirs: Joan i Andreu, amb els fills Pere i Antoni, deportats a l'Àfrica i executats per l'emir Ibrahim.
El 12 de setembre de 1816 i el 3 de juliol de 1817 va cedir part del seu territori en favor, respectivament, de les diòcesis de Caltagirone i de Piazza Armerina.
El 15 de maig de 1844 cedí una nova porció del seu territori per tal que s'erigís la diòcesi de Noto, i el 20 de maig d'aquell any va ser elevada al rang d'arxidiòcesimetropolitana, amb tres diòcesissufragànies: Caltagirone, Piazza Armerina i Noto.
El 6 de maig de 1950 cedí una nova porció del seu territori per tal que s'erigís la diòcesi de Ragusa, que inicialment quedà unida aeque principaliter a l'arquebisbat de Siracusa fins al 1955.
Entre el 29 d'agost i l'1 de setembre de 1953 es verificà el plor d'una imatge del Cor Immaculat de Maria. El 12 de desembre d'aquell any els bisbes sicilians confirmaren el fet miraculós. El 6 de novembre de 1994 el papaJoan Pau II consagrà el Santuari de la Madonna delle Lacrime, construït on s'havia produït el plor miraculós.
El 2 de desembre de 2000 es produí una reorganització de les seus metropolitanes sicilianes i Siracusa cedí les diòcesis de Caltagirone i de Piazza Armerina als arquebisbats de Catània i d'Agrigent, respectivament.
El 15 de desembre de 2004 el venerable cos de Santa Llúcia va estar-se cinc dies a Siracusa, ciutat nativa de la verge.
El 15 de juliol de 2005 se signà un acord entre l'arquebisbat de Siracusa i la Pontifícia Facultat Teològica de Sicília San Giovanni Evangelista de Palerm, pel qual la Facultat establia dins del curs de llicenciatura en Teologia, en la secció d'especialització en la teologia dogmàtica, la direcció eclesiologica amb caracterització mariològica. Els programes de postgrau en teologia, també es duen a terme a l'Institut Superior de Ciències Religioses Sant Metodi