La seva fundació és controvertida. mentre els peuls reivindiquen la fundació de Bandiagara pels toucouleurs, els dogons afirmen que va ser fundada per les famílies Ouologuem i Tembely. Segons això, hauria estat fundada l'any 1770 per Nangabanu Tembély, un caçador dogon. L'etimologia de Bandiagara prové de Bandia, que significa 'carbassa', i gara que significa 'graner' en idioma dogon, però aquesta etimologia és discutida pels peuls.
El 29 d'abril de 1893, les tropes colonials franceses dirigides per coronel Louis Archinard van ocupar Bandiagara. El 1903, creen un cercle administratiu. De l'època colonial, en resten alguns edificis com l'ajuntament i una església catòlica.
Economia
Ha passat en els darrers 10 anys de l'economia agrària al turisme; hi ha 6 hotels, d'entre aquests tres de luxe. S'hi han construït restaurants i ha augmentat l'artesania local.