L'aplicació de les Lleis d'Indies, que prohibien el sistema de l'encomienda i l'esclavitud dels indígenes, així com definien els impostos que els colons havien de pagar al rei, va provocar una oposició hostil, encapçalada per Gonzalo Pizarro, i recolzada per l'Audiència de Lima, el 1544. Aquesta revolució va tenir el suport de molts colons espanyols, que veien perdre el dret d'explotar i d'esclavitzar els nadius dels pobles que sotmetien, com s'havia fet des del principi de la conquesta. En lloc d'això, el rei passava a tenir el control de totes les encomiendas.
Uns mesos més tard, l'Audiència de Lima va canviar d'actitud i va tornar a reconèixer Núñez de Vela com a virrei, provocant que Pizarro la dissolgués, capturés al virrei i el desterrés, retornant-lo a Espanya. Blasco Núñez Vela va reorganitzar els seus partidaris, entre els quals Francisco Hernández Girón, a Popayán, després de desembarcar a Tumbes, i es va enfrontar a Gonzalo Pizarro, i els seus set-cents homes, a la batalla d'Añaquito, el 1546, morint durant el combat[2] i, més endavant, sent decapitat. L'exèrcit de Núñez Vela no tenia més de dos-cents homes.
El cap de Blasco Núnez Vela va ser arrossegat per terra fins a Quito, clavat en una estaca i mostrat a tothom, pels carrers de la ciutat, tot demostrant qui havia guanyat i qui tenia el poder a tot el regne del Perú.
