Des de 1925 fins a la seva jubilació l'any 1969 treballà a l'empresa química Du Pont. Pedersen morí el 26 d'octubre de 1989 a la seva residència de Salem, situat a l'estat de Nova Jersey, a conseqüència d'un càncer.
Recerca científica
A la dècada del 1960 assolí la síntesi química d'un grup de compostos orgànics, els quals va denominar èters corona per la forma de la seva estructura: un anell flexible d'àtoms de carboni intercalats a intervals regulars d'anells d'oxigen. La seva recerca va demostrar que era possible fabricar en un laboratori molècules que poden reaccionar selectivament amb altres àtoms i compostos, tal com ho fan els enzims en els organismes vius.