Boardman comença la seva carrera en ruta aquest mateix any. El 1994 guanyà el pròleg del Tour de França a Lilla, un èxit que repetiria el 1997 a Rouen i el 1998 a Dublín. Aquests tres pròlegs encara figuren entre els quatre més ràpids de tota la història, amb el de Lilla com a rècord mundial (55,152 km/h). El 1996 tornà a batre el rècord de l'hora: 56,375 km, així com el rècord de persecució.
Poc abans de posar punt final a la seva carrera l'any 2000, els seus rècords de l'hora foren anul·lats perquè havia fet servir una bicicleta especial. Boardman decidí atacar el rècord a Manchester amb la mateixa bicicleta que havia fet servir Eddy Merckx per marcar el rècord el 1972 i va aconseguir superar-lo per només deu metres: 49,441 km.[cal citació]