Fill del pintor historicista Julius Hübner després d'estudiar a les universitats de Berlín i Bonn va viatjar per Europa per a dur a terme investigacions arqueològiques i epigràfiques.
En 1870 Hübner va ser nomenat catedràtic de Filologia Clàssica a la Universitat Humboldt de Berlín, però va continuar col·laborant i mantenint un contacte actiu amb estudiosos espanyols, com Manuel Gómez-Moreno.
Obra
Entre la seva obra epigràfica destaca:
Inscriptiones Hispaniae Latinae, 1869, Reimer, Berlín, 1869; reimpressió de Gruyter, Berlín, 1974, ISBN 3-11-003187-6 (Corpus Inscriptionum Latinarum, 2). Suplement, 1892; reimpressió, 1962.
Inscriptiones Hispaniae Christianae, 1871, 2 volums, 1871–1900; reimpressió Olms, Hildesheim, 1975, ISBN 3-487-05483-3.
Inscriptiones Britanniae Latinae, 1873, Reimer, Berlín, 1873; reimpressió, 1996, ISBN 3-11-003194-9 (Corpus Inscriptionum Latinarum, 7).
Inscriptiones Britanniae Christianae, 1876.
La Arqueología de España, 1888.
Monumenta linguae Ibericae, 1893.
Exempla scripturae epigraphicae Latinae. A Caesaris dictatoris morte ad aetatem Justiniani. Berlín, 1885; reimpressió, 1979, ISBN 3-11-004139-1 (Corpus Inscriptionum Latinarum, Actuarium).
Hübner també va escriure dos manuals per a l'estudiant de clàssiques:
Grundriss zu Vorlesungen über die römische Literaturgeschichte, Weidmann, Berlín, 1876; 2.ª ed., Hertz, Berlín, 1889; reimpressió Olms, Hildesheim, 1973, ISBN 3-487-04737-3.
Bibliographie der classischen Altertumswissenschaft (2a edició, 1889).
Altres obres seves d'importància són:
De senatus populisque Romani actis, Teubner, Leipzig, 1859 (Tesi doctoral).
