Tornà a Espanya el 1570, portant amb ell les primeres còpies de les obres de Bernardino de Sahagún per a les autoritats espanyoles.[2] Tornà a Mèxic el 1573, i ja no va tornar a Europa. Va viure al monestir de Tlatelolco. La publicació de la seva, Historia eclesiástica indiana, va ser prohibida per les seves idees mil·lenaristes i Joaquinistes,[3] i fins a 1870 no es va publicar per part de Joaquín García Icazbalceta.
Crivelli, Camillus. «Jerónimo Mendieta». A: The Catholic Encyclopedia. vol. X. New Advent online reproduction. Nova York: Robert Appleton and Company, 1911 [Consulta: 30 gener 2007].
Phelan, John Leddy. The Millennial Kingdom of the Franciscans in the New World: A Study of the Writings of Gerónimo de Mendieta (1525-1604). 2nd revised. Berkeley: University of California Press, 1970. ISBN 0-520-01404-9. OCLC88926.
Martínez, Jose Luis «Gerónimo de Mendieta». Estudios de Cultura Náhuatl. UNAM [Mexico D.F.], 14, 1980, pp.131–197.
Reinhard, Wolfgang «Missionaries, Humanists and Natives in the Sixteenth-Century Spanish Indies - a Failed Encounter of Two Worlds?». Renaissance Studies, 6, 3–4, 1992, pp.360–376. DOI: 10.1111/1477-4658.00124.
Washburn, Wilcomb E.; Phelan, John Leddy «Review of The Millennial Kingdom of the Franciscans in the New World: A Study of the Writings of Gerónimo de Mendieta (1525-1604) by John Leddy Phelan». The William and Mary Quarterly, 15, 3, 7-1958, pp.404–406. DOI: 10.2307/1915640. JSTOR: 1915640.