Amb 16 anys va ingressar a les categories inferiors del Reial Madrid.
Més tard va anar passant per diversos equips: Elx CF (1990), CP Mérida (1991) i Celta (1992); aquest últim va ser l'equip que el va impulsar en la seua carrera professional. El 6 de setembre de 1992 va debutar en primera divisió amb l'equip gallec, aconseguint ser el porter menys golejat aquella mateixa temporada.
La temporada 94-95 va tornar al Real Madrid on l'arribada de l'entrenador italià Fabio Capello i del porter alemany Bodo Illgner li van tancar la porta a la titularitat. Quan li va arribar una oferta del València CF el 1998, no la va rebutjar.
Amb l'equip valencianista va guanyar l'any 1999 la Copa del Rei, Cañizares ja era titular, i amb ell arribaren els títols. La Supercopa d'Espanya aquell mateix any. La temporada 2001-2002, la lliga, igual que en la temporada 2003-2004 i en aquella mateixa temporada també va guanyar la Copa de la UEFA i la Supercopa d'Europa.
Amb l'arribada de l'entrenador Ronald Koeman al València CF, durant la temporada 2007/08, el porter va ser relegat de l'equip, juntament amb David Albelda i Miguel Ángel Angulo. Un cop marxat l'entrenador, a l'abril del 2008, va decidir rescindir el seu contracte amb l'entitat valenciana.[2]
Ha estat convocat per a les Copes del Món de 1994, 1998 i 2006. En el de 2002 es perfilava com a titular però un inoportú accident domèstic va impedir que pogués jugar.
També ha sigut convocat per a las eurocopes de 1996, 2000 i 2004.
