Un cop retirat va fundar l'equip amateur Cafés Baqué i més tard també va dirigir l'equip femení del Durango-Bizkaia.[1]
En homenatge seu, la Durango-Durango Emakumeen Saria, una cursa que va impulsar a crear-se, va passar a anomenar-se també "Memorial Juan María Balier".[2]