Lara Flynn Boyle va néixer a l'estat d'Iowa, filla de la jove Sally Boyle, el 24 de març de 1970, però va créixer a Chicago.
De petita va patir dislèxia i incapacitat d'aprenentatge, però es va esforçar molt per tant de poder-se graduar. Va estudiar a la Chicago Academy for the Arts.
Immediatament després de graduar-se, mare i filla van traslladar-se a Los Angeles, on Lara Flynn va començar a obtenir petits papers en pel·lícules com Poltergeist III i Wayne's World. La seva mare és també la seva mànager.
L'11 d'agost de 1996 es va casar amb John Patrick Dee III, de qui es va divorciar dos anys més tard. Posteriorment va sortir amb els actors David Spade (1998-1999) i Jack Nicholson (1999-2001), fins que el 16 de desembre de 2006 es va casar amb Donald Ray Thomas.
