Casada l'any 1828 amb el seu cosí, el duc Maximilià de Baviera, per compensar-la del destí poc elevat que li havia tocat, el rei Maximilià permeté que tots els descendents de la princesa figuressin a la llista de successió al tron bavarès i que rebessin el tractament d'altesa reial.
La parella s'instal·là entre Múnic i el castell de Possenhofen, propietat de la família del duc Maximilià. Tingueren nou fills:[3]
SAR el príncep Lluís de Baviera, nat el 1831 a Múnic i mort el 1920 a Múnic. Es casà morganàticament amb Henriette Mendel, creada senyora van Wallersee, de la qual es divorcià per casar-se amb Barbara Antonie Barth, creada senyora von Bartolf, de la qual també es divorcià el 1913.
Lluïsa morí al Castell de Possenhofen l'any 1892 envoltada de tots els seus fills vius. Els últims esdeveniments entre els quals s'hi trobaven el suïcidi del seu net l'arxiduc-hereu Rodolf d'Àustria; la mort de la seva filla, la princesa Sofia de Baviera en un incendi en un centre comercial parisenc; i el trencament del compromís entre la princesa Sofia de Baviera i el rei Lluís II de Baviera.