Haupt va fer els estudis secundaris al institut reial de Würzburg, però com que els estudis li semblaven massa memorístics, es va posar a estudiar pel seu compte llibres de matemàtiques que li semblaven més estimulants. El 1906 va començar els seus estudis de física i matemàtiques a la universitat de Würzburg, on va rebre la influència, sobre tot, d'Emil Hilb. Després d'obtenir el doctorat (1910), va fer ampliació d'estudis a la universitat de Múnic i a la de Breslau.
El 1913 va rebre una invitació d'Adolf Krazer per incorporar-se a la universitat de Karlsruhe que no va desaprofitar. En aquesta universitat va obtenir ràpidament l'habilitació docent i va fer grans amistats entre les quals la de Fritz Noether. Però la Primera Guerra Mundial va estroncar aquesta bona época. Va ser mobilitzat i va contraure unes quantes malalties malgrat estar vacunat: tifus, icterícia i disenteria. El 1919 va ser llicenciat i va tornar al seu lloc a Karlsruhe.
Però el 1921 va obtenir la càtedra de matemàtiques de la universitat d'Erlangen, càrrec que va exercir fins a la seva jubilació el 1953.[1] Quan ja tenia una edat molt avançada, se'n va anar a viure a una casa de retir a Bad Soden (a la vora de Frankfurt), on va morir amb 101 anys.
Durant l'època nazi, va aconseguir que sobrevisquis la seva dona, que era d'ascendència jueva, amagant-la amb astúcia i una mica de sort. Altres parents polítics seus van acabar morint a camps d'extermini.
Com matemàtic, Haupt és bàsicament un geòmetra. La majoria dels més de 170 articles que va publicar fan referència als ordres geomètrics.[2] Els seus llibres més importants són una introducció a l'àlgebra (dos volums, 1929),[3] un tractat de càlcul diferencial i integral (tres volums, 1938, reeditat nombroses vegades)[4] i una obra sobre els ordres geomètrics (1967).
Barner, M.; Flohr, F. «Otto Haupt zum 100. Geburtstag» (en alemany). Jahresbericht der Deutschen Mathematiker-Vereinigung, Vol. 89, Num. 2, 1987, pàg. 61-80. ISSN: 0012-0456.
O'Connor, John J.; Robertson, Edmund F. «Otto Haupt» (en anglès). MacTutor History of Mathematics archive. School of Mathematics and Statistics, University of St Andrews, Scotland.