L'interior té tres naus que formen una creu llatina, i vuit capelles laterals. A la primera capella de l'esquerra destaca el gran fresc de la Cattura di Cristo de Il Garofalo (1524). En el mateix altar de la capella hi ha l'escultura Cristo nel Gestemani.
El creuer dret està dominat per l'important mausoleu del marquès Ghironi Francesco Villa, d'estil barroc, mentre que en el creuer esquerre es conserva un sarcòfag romà d'estil de Ravenna que data del segle v.
