Nascut a Azpeitia, va ser batejat a l'església de Sant Sebastià de Soreasu el 21 de gener de 1683. Va ser fill legítim de Francisco Ignacio de Emparan, XII senyor de la casa d'Emparán i de Catalina d'Azcue i Zaulaica; net per línia paterna d'Ignacio d'Emparan i Sorrain i d'Ana Eycaga i Olano, i per la materna de Joanes d'Azcue Urbieta i Mariana de Zaulaica Mendizabal. A més a més, va ser germà de José Joaquín, Ignacio, José Antonio, José Joaquín Antonio, Antonio José León i Francisco José de Emparan, aquest últim va ser el xiii senyor de la casa d'Emparán d'Azpeitia.[4]
↑A la seva partida de naixementArxivat 2012-02-28 a Wayback Machine. no queda clar si l'ordre dels cognoms del pare és Sorarrain Emparan, perquè entre línies l'ordre dels cognoms és Emparan Sorarrain (Arxiu Històric Diocesà de Sant Sebastià, llibre 4t de baptismes de la parròquia de Sant Sebastià de Soreasu, a Azpeitia, f. 28v).