La Secretaria General és dirigida per un Secretari General, nomenat per la majoria qualificada del Consell, que respon políticament davant el seu ple i que garanteix, en cooperació amb la Presidència de torn de la Institució, el bon funcionament dels seus treballs. Sota la seva autoritat, i prèvia aprovació pel ple, la Secretaria General executa el pressupost de la Institució. El Secretari General del Consell, el diplomàticfrancès Pierre de Boissieu,[1] va ser substituït el 2011 per Uwe Corsepius, per al període comprès entre el 26 de juny de 2011 i el 30 de juny de 2015.[2]
A l'estructura orgànica de la Secretaria General del Consell s'integren tots els funcionaris d'aquesta institució, així com les unitats més rellevants de l'àrea funcional típicament intergovernamental de la Unió, en particular de les polítiques comunes d'exteriors i defensa (PESC-PCSD). Entre aquestes últimes s'inclouen l'Estat Major de la Unió Europea i el SitCen (centre d'informació i operacions).
