Yotsuya es troba en la part sud-est de Shinjuku. Abans de 1943, quan Tòquio era encara una ciutat, Yotsuya fou un dels seus districtes i disposava de límits definits, però avui en dia els límits del barri no són massa clars. Generalment estan definits com a l'espai de jurisdicció de la branca de Yotsuya de l'ajuntament de Shinjuku i la comisaria de Yotsuya, la qual inclou més parts de Shinjuku (com l'avinguda Meiji i l'avinguda Yasukuni). Cap a l'est limita amb el barri de Banchō, en Chiyoda.
Història
Abans de la crescuda d'Edo, Yotsuya va ser només una vila agricola fora de la ciutat. En 1634, amb l'excavació del fossat exterior del castell Edo molts temples i santuaris es van mudar a Yotsuya. El fossat disposava de murs de pedra i de torres de vigilància. La torre de vigilància de Yotsuya es trobava prop d'on es troba en l'actualitat l'estació de Yotsuya.
La reubicació dels temples i la construcció de la torre va portar a la zona a molts treballadors que s'hi instal·laren i amb el posterior incendi de Meireki molta gent es traslladà a Yotsuya, que s'havia salvat de les flames. Gradualment, la zona va començar a formar part de la ciutat d'Edo.
En 1695, el shogunTokugawa Tsunayoshi va ordenar la construcció a la zona d'una gran gossera. El propòsit d'aquesta instal·lació va ser arreplegar gossos del carrer com a part de la política del shogun de mostrar misericòrdia als animals. Les instal·lacions, fora de la porta de Yotsuya ocupaven els 66.000 metres quadrats.
Yotsuya es desenvolupà ràpidament gràcies a la seua ubicació central. En 1894, el ferrocarril Kōbu, predecessor de l'actual Línia Principal Chūō, va estendre la seua línea entre Shinjuku i Tachikawa fins Ushigome i obrí les estacions de Yotsuya i Shinanomachi. El ferrocarril va permetre el fàcil transport de matèries a la zona; aviat les indústries del llapiç i el tabac s'instal·laren a la zona i poc després altres indústries que començaren amb el desenvolupament actual de Yotsuya.
En 1947, Yotsuya es va fusionar amb el districte de Ushigome per a formar el nou districte de Shinjuku.
