En els temps anteriors a la conquesta espanyola, Zipacón va ser habitat pels Muisques, organitzats en la seva Confederació Muisca. Zipacón era el lloc de meditació pel zipa. El poblament era a la frontera amb els Panche, enemics eterns del Muisca. Zipacón va ser envaïda pels Panche quan els conquistadors espanyols conquerien la sabana de Bogotá.[2]
Les evidències més velles de l' agricultura de les patates en la sabana de Bogotá han estat desenterrades a Zipacón i daten de 3200 BP anys.[3] L'assentament va ser habitat des del període de la cultura Herrera, com a mínim des del 3270 BP.[4] Diferents demostracions d'art a les roques han estat descobertes a Zipacón.[5][6][7][8][9]
La principal activitat econòmica de Zipacón és l'agricultura i la ramaderia.
Martínez Celis, Diego & Botiva Contreras, Álvaro (2004a). Manual de arte rupestre de Cundinamarca - Manual of rock art of Cundinamarca. ICANH. ISBN 958-8181-07-0
Martínez Celis, Diego & Botiva Contreras, Álvaro (2004b). Introducción al arte rupestre. ICANH
Muñoz Castiblanco, Guillermo (2006). Pinturas rupestres en el Altiplano Cundiboyacense, Colombia - concentración y diversidad en la Sabana de Bogotá: Municipio de Suacha-Sibaté Cundinamarca - Rock paintings on the Altiplano Cundiboyacense, Colombia - concentration and diversity on the Bogotá savanna: municipality of Soacha-Sibaté, Cundinamarca
Nieto Escalante, Juan Antonio, Sepulveda Fajardo, Claudia Inés & Sandoval Sáenz, Luis Fernando, et al. (2010). Geografía de Colombia - Geography of Colombia. Instituto Geográfico Agustín Codazzi. ISBN 978-958-8323-38-1