Narodil se ve městě Gaalkayo v regionu Mudug, které se nachází v centrální části Somálska. Vstoupil do somálské armády, studoval právo na somálské univerzitě a později odjel do bývalého Sovětského svazu a Itálie. Z důvodu odmítnutí zúčastnit se převratu vedeného Muhammadem Siadem Barrem byl v letech 1969 až 1975 vězněn. V letech 1977 až 1978 vedl jižní frontu v somálsko-etiopské válce. V roce 1978 byl jako člen darodského klanu jedním z lidí, kteří se snažili svrhnout Barreho vládu – pokus byl neúspěšný a Ahmed uprchl ze země do Keni, odkud vedl odbojové hnutí zaměřené na sesazení Barreho. Poté odjel do Etiopie, kde utvořil Somálskou demokratickou frontu spásy – jednu z prvních ozbrojených skupin, která vedla vojenskou kampaň proti diktátorskému režimu. V Etiopii byl v letech 1985 až 1991 vězněn podruhé, když se nedokázal dohodnout s Etiopany o jejich nárocích na oblasti v Somálsku.
Celý život se Ahmed potýká se zdravotními problémy – v roce 1996 podstoupil transplantaci jater, v prosinci 2007 byl nečekaně hospitalizován s dýchacími problémy v nemocnici v Nairobi, na začátku 2008 odjel na zdravotní vyšetření do Londýna.
Prezident Puntlandu
V 90. letech se vrátil do Puntlandu, kde se stal předním vůdcem a usiloval o to, aby v zemi nevznikla anarchie, jako tomu bylo v Somálsku po pádu vlády Siada Barreho v roce 1991. Zároveň deklaroval územní nezávislost Puntlandu. V 1998 se Puntland stal autonomní části Somálska a Ahmed jejím prvním prezidentem do roku 2001, kdy ho nahradil Jama Alí Jama. Ahmed však odmítl uznat výsledky voleb, v květnu 2002 obsadil Garoowe, hlavní město Puntlandu, a byl znovu zvolen prezidentem – svou funkci spravoval až do roku 2004, kdy odstoupil, aby se stal prezidentem Somálska.
Prezident Somálska
10. října2004 na zasedání somálského Přechodného federálního parlamentu byl zvolen novým somálským prezidentem. Porazil 24 kandidátů a s rozdílem 90 hlasů (189:79) vyhrál nad svým největším rivalem Abdullahem Ahmedem Addouem.
Přísahu složil čtyři dny poté v hlavním keňském městě, Nairobi. Ceremoniálu se účastnilo několik hlav afrických států, diplomatů, reprezentantů mezinárodních organizací, vůdců somálských politických stran (mezi jinými – nigerijský prezident Olusegun Obasanjo, rwandský prezident Paul Kagame, prezident Jemenu, viceprezident Súdánu, etiopský ministr zahraničí aj.).
Mělo se za to, že vítězství Ahmeda je prvním krokem ke stabilitě a dosažení míru v zemi, které byly narušeny frakční válkou od roku 1991, kdy byla svržená vláda Mohameda Siada Barreho. Přesto přechodná vláda neměla stabilní pozici – uvnitř vlády se vyskytovaly neshody a spory mezi hlavními představiteli státu, které vyústily v odvolání vlády v roce 2008.
V roce 2006 Ahmed požádal etiopské vojsko, aby mu pomohlo kontrolovat situaci v zemi a bojovat proti islámským radikálním skupinám, které kontrolují většinu území hlavního města. Přítomnost etiopských vojáků v zemi mělo za následek sjednocení různých islámských ozbrojených skupin, včetně al-Šabábu, které se je snažily vyhnat a umocnit svou pozici v Mogadišu. Vláda se také usilovně snažila získat uznání somálského lidu a bojovat proti povstáním islámských extrémistů a protivládním klanům.
Pokus o vraždu
28. listopadu2006 prezident pronášel řeč v parlamentu, ve městě Baidoa, kde sídlí přechodná vláda. Po skončení projevu, kdy byl již připraven k odjezdu, do konvoje narazil automobil atentátníků, který vybuchl a plameny zasáhly další automobily, včetně toho, ve kterém seděl Ahmed. Prezident byl nezraněn odveden do bezpečí. Při atentátu zemřelo 8 lidí, včetně jeho bratra Dirie Yusufa Ahmeda. Ahmed okamžitě obvinil z atentátu Al-Káidu, která mohla být podporována islámskými radikály působícími v somálském hlavním městě, Mogadišu, ale somálští úředníci připouštěli také možnost, že za atentát mohou být zodpovědné bojující proti sobě frakce uvnitř vlády.
Druhý pokus o atentát byl 1. června2008 na letadlo, kterým Ahmed odlétal z letiště v Mogadišu. Z pokusu o zabití prezidenta byla obviněná islámská skupina al-Šabáb, která se snaží vyhnat etiopskou armádu a získat plnou kontrolu nad Mogadišem.
Odvolání vlády
V prosinci 2008 Ahmed odvolal vládu a premiéra Nura Hassan Husseina. Jako důvod tohoto rozhodnutí uvedl neefektivnost, korupci, neschopnost přinést mír do válkou sužované země a ochránit zemi před sílicí islámskou opozicí. Dlouhou dobu se také vyskytovaly mezi prezidentem a premiérem neshody, kvůli nimž byla v posledních několika týdnech ochromena činnost vlády i parlamentu. Příčinou prý byly hlavně neshody v postupu vůči islámské opozici.[1]
Proti odvolání se premiér ohradil tím, že podle prozatímní federální ústavy prezident nemá právo sám sesadit premiéra – k tomu potřebuje souhlas parlamentu. Parlament podpořil Husseina a postavil se proti jeho odvolání, přesto Ahmed jmenoval nového premiéra Mohamouda Mohameda Guleda. Avšak několik dní po svém jmenování se Guled sám této funkce vzdal.
Rezignace
Po odstoupení Guleda Ahmed dne 9. prosince 2008 na zasedání parlamentu ve městě Badoia oznámil svou rezignaci a odchod z politiky. Ahmed ve svém funkčním období musel čelit mnoha překážkám: silným islámským vzpourám, malé podpoře v parlamentu, podle některých diplomatů z východních států již nebyl pro Somálsko řešením, ale problémem aj.
„
Když jsem se ujímal funkce, slíbil jsem tři věci. Pokud nebudu schopen plnit své povinnosti, rezignuji. Za druhé jsem řekl, že udělám vše, co bude v mých silách, aby vláda fungovala v celé zemi. To se také nepodařilo. Za třetí jsem vyzval vůdce, aby se mnou spolupracovali pro dobro lidí. To se nestalo.
“
— Abdullahi Yusuf Ahmed, prohlášení po rezignaci[2]
Po rezignaci Ahmed opustil Badoiu a vrátil se do svého rodného Puntlandu. Poté se svou ženou a 17 dalšími členy rodiny odjel do jemenského hlavního města Saná. Po jeho smrti bylo tělo převezeno zpět do Puntlandu.
SANDERS, Edmund. THE WORLD; Somalia's president checks into hospital with breathing problems : Abdullahi Yusuf's latest health issues renew concerns about the fragile transitional government's viability. Los Angeles Times. Dec 5, 2007, s. A.3. Dostupný z WWW: <http://proquest.umi.com/pqdweb?did=1393174101&Fmt=3&clientId=46200&RQT=309&VName=PQD>. ISSN 04583035.