Továrna byla založena roku 1919 v Praze; měla rozlehlou montážní halu ve Vysočanech a další pobočku v Karlíně. Během 2. světové války se v ní vyráběla německá letadla. Vysočanská hala byla zničena při náletu 25. března 1945.[2] Výroba se v roce 1953 přestěhovala do Vodochod. Po změně režimu v listopadu 1989 firma ztratila velkou část svých trhů v bývalém sovětském bloku a od té doby hledá vhodného partnera, který by jí umožnil naplnit výrobní kapacity a dále se rozvíjet:
Od roku 1998 společnost Aero spolupracovala s výrobcem letadel firmou Boeing (výroba dílů pro letadla Boeing 757, Boeing 767 a F-18 Super Hornet), tento svazek však nevedl ke zvýšení prodejnosti vlastních letadel, proto vláda ČR v roce 2004 odkoupila podíl od Boeingu zpět.
V říjnu 2006První vláda Mirka Topolánka rozhodla o privatizaci Aera Vodochody včetně letiště a pozemků formou prodeje akciové společnosti Oakfield patřící česko-slovenské investiční skupině Penta. Ta nabídla nejvyšší cenu 2,91 mld Kč (druhý zájemce Konsorcium PPF a J&T jen 1,7 mld Kč) se vlastníkem stala 4. ledna 2007. K 30. listopadu 2007 byla zapsána od Obchodního rejstříku dceřiná společnost Letiště Vodochody 100 % vlastněná společností AERO Vodochody, a.s. (patřící do skupiny Penta Investments) Jejím generálním ředitelem se stal ing. Martin Kačur, dřívější generální ředitel České správy letišť, státního podniku.[3] Ředitelem Aera Vodochody byl od května 2016 Giuseppe Giordo. Ještě v roce 2007 proběhla restrukturalizace, jejímž hlavním výsledkem byl v roce 2007 po několika ztrátových letech zisk ve výši 236 milionů Kč. V roce 2021 Penta Investments svůj podíl prodala, 100% vlastníkem Aera se stává společnost HSC Aerojet Zrt., v níž minoritní podíl drží společnost OMNIPOL a.s. Součástí prodeje bylo i Letiště Vodochody a.s.
Záměr vybudovat mezinárodní letiště
Po privatizaci se objevil plán na přeměnu malého soukromého letiště ve Vodochodech na mezinárodní leteckých terminál. V únoru 2009 byl na Ministerstvu životního prostředí oznámen záměr na vybudování druhého největšího mezinárodního letiště se 35 tisíci pohyby za rok (proces Vyhodnocení vlivů na životní prostředí, EIA[1]). Proti záměru se ale sdružily okolní obce a zorganizovaly petici proti rozšíření letiště.[4]
Ve čtvrtek 25. 6. 2009, bylo v Kralupech nad Vltavou ustanoveno Sdružení proti letišti. Obce, na jejichž území žije téměř 30 tisíc občanů deklarují v podepsaném memorandu nesouhlas s plánovaným záměrem výstavby a společný a jednotný postup proti výstavbě nového letiště. Chtějí využít všechny zákonné prostředky k tomu, aby realizaci rozšíření současného firemního letiště Aera Vodochody zabránily a chtějí aktivně chránit životní prostředí a zdraví svých občanů před negativními vlivy plánovaného letiště. Signatáři memoranda jsou tyto obce: Dolany nad Vltavou, Chvatěruby, Kozomín, Kralupy nad Vltavou, Líbeznice, Máslovice, Měšice, Nelahozeves, Panenské Břežany, Postřižín, Užice, Veltrusy a Zlončice[2]. V roce 2010 proběhla ve dvanácti dotčených obcích místní referenda s jednoznačným výsledkem proti rozšíření Letiště Vodochody. S výjimkou referenda v Odoleně Vodě byla tato referenda závazná pro zastupitelstva, protože se jich zúčastnilo alespoň 35 % obyvatel, a zároveň minimálně nadpoloviční většina hlasovala proti záměru (resp. více než 25 % všech obyvatel) (viz zákon o místním referenduArchivováno 27. 5. 2020 na Wayback Machine.).
Dne 23. 7. 2013 se na letňanském výstavišti v hale č. 2 konalo veřejné projednání, které patřilo vůbec k nejdelším v historii, když trvalo více než 16 hodin (od 12 hodin do 4.30).[5][6]
Projekt na vybudování mezinárodního letiště nový majitel v roce 2021 ukončil. Letiště má primárně sloužit pouze pro firemní potřeby společnosti Aero.[7]