V září 2012 bylo oznámeno, že princ Emmanuel opustí školu St John Berchmans College v Bruselu, školu, kterou také navštěvovali jeho sourozenci, a zapíše se na speciální školu Eureka v Kessel-Lo.[5] Škola se stará o děti s normální inteligencí a nadané děti s dyslexií, kterou má Emmanuel.[6] V srpnu 2020 bylo oznámeno, že Emmanuel přestoupí na Mezinárodní školu v Bruselu, anglickou soukromou školu ve Watermael-Boitsfort poblíž Bruselu, stejnou školu, kterou jeho bratr Gabriel od roku 2019 v současné době navštěvuje.[7]
↑NWS, VRT. Nieuwe scholen voor prinses Eléonore en prins Emmanuel, einde van een tijdperk aan het Sint-Jan Berchmanscollege. vrtnws.be [online]. 2020-08-26 [cit. 2021-04-27]. Dostupné online. (nizozemsky)