Byl druhorozeným, avšak prvním přeživším synem arcivévody a budoucího císaře Ferdinanda II.Štýrského a jeho ženy, bavorské princezny Marie Anny.
Už od dětství byl domluven jeho sňatek se sestřenicí, španělskou infantkou Marií Annou, dcerou krále Filipa III. Španělského. Jan Karel zemřel však již ve čtrnácti letech. Marie Anna se pak stala manželkou jeho mladšího bratra Ferdinanda, který později vládl jako císař Ferdinand III. Habsburský. Jeho tělo je uloženo v mauzoleu ve Štýrském Hradci.
S: také španělský infant T: také toskánský princ M: také modenský princ P: také portugalský infant B: také belgický princ kurzívou jsou rakouští panovníci