Narodil se jako třetí ze čtyř dětí v rodině Andreje a Heleny Plečnikových. Podle přání otce měl převzít rodinnou truhlářskou dílnu. Ve škole příliš neprospíval, jeho slabinou byly zejména exaktní předměty. Už od dětství velice rád kreslil. Tuto zálibu musel ovšem často skrývat před otcem, který se obával, aby se z jeho syna nestal bohém.
Díky státnímu stipendiu se v roce 1888 dostal na průmyslovou školu ve Štýrském Hradci, kde studoval truhlářství a příbuzné obory. Zde se dostal do kontaktu se studenty stavitelství. Naučil se od nich tolik, že ho profesor Leopold Theyer přijal jako kresliče do svého ateliéru. Studoval na vídeňské umělecké akademii pod vedením Otto Wagnera.[1]
Nečekaná smrt jeho otce (mezi roky 1889–1892) zapříčinila to, že se z něj nestal truhlář, ale světoznámý architekt. Matka se starším bratrem se shodli na tom, že na převzetí otcovy dílny je ještě příliš mladý. V roce 1892 odjel do Vídně, kde dva roky pracoval v továrně na nábytek k.k. Hof-Bau-Kunsttischlerei J. W. Müller. Byla to pro něj dobrá, i když velmi tvrdá škola a sám na toto období svého života vzpomínal jen velice nerad.[2]
Koncem roku 1920 byl jmenován profesorem architektury na nově založené universitě v Lublani. Oproti pražské zde panovaly zcela odlišné poměry. Škola nedisponovala velkými financemi, chyběly prostory, odborná literatura. Vyprojektoval tedy skromnou jednopodlažní budovu v Aškenazově ulici a na podzim následujícího roku v ní přivítal první studenty. Ve dvacátých letech dvacátého století byl z popudu prezidenta nové republiky T. G. Masaryka pozván do Prahy, aby pracoval na obnově Pražského hradu a později i úpravách lánského zámku.
Pražský hrad, adaptace a úpravy: rekonstrukce I. a III. nádvoří, návrh jižních zahrad, úpravy a doplnění interiérů (1920–1934) – úprava I. nádvoří včetně praporových stožárů před Matyášovou branou (1922–1923), úprava bytu prezidenta (1921–1924), úpravy zahrad Rajské, Na valech a Na baště (1921–1931) vč. vyhlídkového altánu, vyhlídkových teras a zimní zahrady u jižních zahrad, severní průčelí Španělského sálu (1923–1925), sloupová síň Bellevue pod Ústavem šlechtičen (1924–1925), vstupní sloupová síň ke Španělskému sálu u Matyášovy brány (1927–1929), monolit z mrákotínské žuly 18 m vysoký a dlažba III. nádvoří vč. přístřešku nad vykopávkou baziliky sv. Víta a kaple sv. Mořice (1928–1932), Býčí schodiště
Národní a univerzitní knihovna (projekt 1930–1931, realizace 1936–1941)
přestavba domu (včetně interiéru) rodiny Prelovšeků (1932–1933)
letní divadlo Križanke (1952–1956)
dále stadion, rekonstrukce Křižovnického náměstí, obytné budovy, hřbitov, pomníky, kašny, mříže, osvětlovací tělesa, interiéry aj.
V roce 2021 byly nejvýznamnější autorovy stavby v Lublani zapsány na seznam světového kulturního UNESCO. Zdůvodní zápisu znělo: Plečnikovy stavby představují příklad urbanistického designu zaměřeného na člověka, který postupně změnil identitu města po rozpadu Rakousko-Uherska, kdy se změnilo z provinčního města na reprezentativní hlavní město slovinského národa. Architekt přispěl k této proměně svou osobní, hluboce lidskou vizí města, založenou na architektonickém dialogu se starším městem a zároveň sloužícím potřebám vznikající moderní společnosti 20. století. Pod ochranou UNESCO je několik veřejných prostranství (náměstí, parky, ulice, promenády, mosty) a budov veřejných institucí, které byly citlivě začleněny do již existujícího městského, přírodního a kulturního kontextu a přispěly k nové identitě města. Tento vysoce kontextuální urbanistický přístup, stejně jako Plečnikův osobitý architektonický styl, se vymykají ostatním převládajícím modernistickým principům své doby. UNESCO zapsalo celkem sedm lokalit:
Chrám Nejsvětějšího Srdce Páně v Praze 12., na Královských Vinohradech : Dle projektu prof. arch. Jos. Plečnika. Praha: [s.n.], 1932. Dostupné online. 30 pohlednic dokumentuje postup stavby kostela Nejsvětějšího srdce páně a jeho vysvěcení dne 8. května 1932 a doplňuje je stručný úvod jednatele spolku pro zbudování kostela Alexandra Titla.