Dnešní podoba katedrály pochází z 12. století, kdy byla na základech staršího kostela z doby karolínské postavena nová budova. Jako stavební materiál byl použit černý čedič ze sopečného lomu v Mont-Saint-Loup a budova má pevnostní charakter, proto zde jsou až třímetrové zdi. Až do Velké francouzské revoluce zde bylo sídlo agdeského biskupství a ve svatoštěpánském kostele byla jeho katedra. Poslední biskup z Agde, Mons.Saint-Simon byl 26. července1794gilotinován, dva dny před koncem období Hrůzovlády. V rámci revolučního uspořádání Francie, vznikla Ústavní církev a agdeské biskupství bylo zrušeno pro nadbytečnost.
Na základě konkordátu z roku 1801 byla diecéze agdeská včleněna do montpellierské diecéze. Katedrála svatého Štěpána v Agde má v rámci montpellierské arcidiecéze status konkatedrály.
