Převládajícími horninami jsou ruly a svory. Vrcholová plošina Keprníku má podobu kryoplanační terasy (lavicovité stupně složené z plošiny a srázu). Na vrcholu je mrazový srub.
Vodstvo
Vrchol Keprníku náleží k hlavnímu evropskému rozvodí mezi Baltským a Černým mořem. Keprnický potok se svým hlavním přítokem Rudohorský potok, přítokem Bystrý potok a dalšími bezejmennými přítoky, odvádějí vodu do Bělé a dále do Odry a Baltského moře. Klepáčský potok s přítokem Jelení potok a dalšími bezejmennými přítoky odvádí vodu do řekyBranná a dále do Černého moře.
Na svazích Keprníku se nachází několik hůře dostupných vodopádů: