V šestnácti letech se Luisa provdala za svého bratrance, Ferdinanda Filipa Sasko-Kobursko-Gothajského. Manželé měli dvě děti, Leopolda a Dorotheu, jejich manželství však nebylo šťastné.
Luisin život byl provázen velkými skandály. Později se zamilovala do jistého chorvatského aristokrata a odešla od rodiny. Její manžel za pomoci jejich syna Leopolda Luisu prohlásil za nesvéprávnou a nechal ji izolovat do ústavu pro pomatené.[zdroj?]
Luisa byla zavržena jak svou belgickou rodinou, tak rodinou svého chotě, ani u vídeňského dvora nebyla vítána. Ve Vídni byla za následníka trůnu prince Rudolfa provdána její sestra Štěpánka, i s ní se však posléze rozchází ve zlém.
Princezna Luisa Marie Amélie zemřela dne 1. března1924 ve Wiesbadenu v naprosté bídě, osamocena a zavržena.
*sasko-kobursko-gothajské princezny sňatkem do roku 1826 **sňatkem také belgická princezna ***sňatkem také britská princezna ^neměla od narození královský ani šlechtický titul