Pravěké osídlení z doby kamenné dokládá dolmén z Lanacy, komorová hrobka, stojící severně od města. Tato archeologická lokalita byla v roce 1993 zařazena ke světovému dědictvíUNESCO.
V roce 25 př. n. l. město ve starověké Římské říši založil pozdější římský císař Augustus jako kolonii pro veterány z římských legií (nazývané emerites) a nazval je Emerita Augusta. Byla hlavním městem tehdejší provincie Lusitania. Postupem času byly postaveny četné reprezentativní budovy: divadla, amfiteátry, cirkusy, chrámy, mosty a akvadukty. Až do pádu Římské říše byla Mérida důležitým hospodářským, vojenským a kulturním centrem.
V raném středověku musela Mérida odolat několika vandalským nájezdům, dokud z ní Vizigóti neudělali hlavní město svého království. V 6. a 7. století byla z Méridy ovládána oblast téměř celého Španělska a Portugalska. V 5. a 6. století se mezi obyvatelstvem rozšířilo křesťanství, s přispěním biskupa misionáře Mausona. Z lidové víry té doby vzešla mučednice svatá Eulálie, patronka města, jejíž kostel byl založen na troskách římského chrámu.
V roce 713 Arabové pod vedením Musa íbn Nusaira město dobyli a zdevastovali ho. I za islámské nadvlády zůstala Mérida biskupským sídlem, které bylo v roce 1119 přesunuto do Santiaga de Compostela. V roce 1230 město dobyla křesťanská vojska pod vedením krále Alfonse IX..
Ve 20. století se Mérida stala železničním uzlem a centrem průmyslu. Kromě toho vzrostl mezinárodní zájem o archeologii a restaurování starověkých budov města.
Roční srážky se pohybují okolo 450 až 500 mm. Největší počet srážek připadá na listopad a prosinec. Léta jsou suchá. Období sucha se, stejně jako v celém jižním Španělsku, pravidelně vrací v cyklech, které trvají od 2 do 5 let.
Na podzim je počasí velmi nestabilní, neustále se střídají období sucha se silnými bouřkami.