Aplikovaná malakologie je zaměřena na medicínské a veterinární využití neboť měkkýši mohou přenášet různé nemoci, např. schitosomiázu. Aplikovaná malakologie v zemědělství se zaměřuje na ochranu před škodlivými plži a méně také chov měkkýšů jako potravy (chov ústřic, helikultura – chov hlemýždů).
Zachovalé schránky měkkýšů umožňují širší využití malakologie v archeologii k porozumění vývoje klimatu, vývoje oblasti v minulosti a využití lokality v minulosti. Výskyt fosilních, subfosilních i živých měkkýšů je využíván také v ochraně přírody.
Malakologové
Zoologové zajímající se o malakologii se nazývají malakologové.