Řád byl zrušen během napoleonského období, ale jen na přechodnou dobu, neboť v roce 1815 byl obnoven. V roce 1995 se sídlo řádu přesunulo do původního sídla Duitse Huis (Německého domu) v Utrechtu, který vznikl v roce 1348.
Řád německých rytířů vznikl v Akkonu roku 1190 jako hospitální (špitální) bratrstvo. Díky přílivu křižáků z německých zemí se řád mohl rozrůst do podoby nadnárodní organizace s vlastní armádou a vojenskými posádkami, ale křižácké državy byly tou dobou prakticky rozebrány mezi templáře, johanity, tamní šlechtu a italské námořní republiky. Němečtí rytíři se soustředili na přístavní město Akkon a několik hradů. Po ztrátě křižáckého panství v Zámoří a zejména Akkonu, který byl základnou řádu, byli němečtí rytíři nuceni se stáhnout do Evropy. Uplatnění nalezli v pohanském Prusku, kam byli pozváni Konrádem Mazovským, dobyté území přeměnili v řádový stát, který se v 13.–15. století rozprostíral po celém jižním pobřeží Baltského moře, od Gdaňského Pomoří po Finský záliv, a bohatl z místních obchodních tras. Mimo teokratický stát v Pobaltí vznikala na západě řádová sídla, kde mohli rytíři získávat další prostředky a dobrovolníky.
Němečtí rytíři v Nizozemsku
První statky v Nizozemsku získal Řád německých rytířů v letech 1218–1219. Utrechtská bailiva (balej, bailivik) vznikla v roce 1231, kdy byl řádu darován dům s pozemkem v Tolsteegsingel, který se nacházel mimo Utrecht v místě současné univerzitní nemocnice. V roce 1232 byl vystavěn komturský dům a Antonius van Printhagen zvaný Lederzak („kožená taška“) byl jmenován zemským komturem Utrechtské bailivy. Toto sídlo se stalo správním centrem všech řádové statky v diecézích Utrecht, Holandska, Zeelandu, Fríska a Gelderlandu. K tomu přibyly další pozemky, budovy a kostely. Byly založeny komendy pro správu těchto nemovitostí a časem se zformovaly komendy Dieren, Schelluinen, Maasland, Schoten, Middelburg, Tiel, Leiden, Doesburg, Nes (Frísko), Valkenburg, Bunne (Drentsko), Schoonhoven, Rhenen a Katwijk. V Nes, Rhenen a Tiel byly kláštery kněžských bratří. Menší domy také vlastnily velké plochy půdy a byly řízeny komtury. Hlavou komendy byl obvykle rytíř, ale někdy to byl bratr kněz. Bratr rytíř byl vždy šlechtic. Zemský komtur (Landkomtur) byl vždy rytířem a většina ostatních komturů byla také rytíři. Každý bratr rytíř musel být urozeného původu s doloženými čtyřmi urozenými prarodiči a nesměl mít žádné fyzické vady. Složil slib čistoty a poslušnosti. Jakmile byl po komplikovaném obřadu přijat, již nemohl řád opustit.
Řád nebyl typicky náboženský, protože jeho cílem bylo zejména péče o nemocné a ozbrojený boj s nepřáteli křesťanstva, ale náboženský život hrál v životě společenství významnou roli. Klášter nebo hlavní řádový dům bailivy se měl skládat z komtura a dvanácti bratrů, kteří měli připomínat Krista a jeho učedníky. V 15. století měl Německý dům (Duitse Huis) pět bratrů rytířů a osm bratrů kněží.
Zásadní zlom nastal roku 1619, kdy se zemským komturem poprvé stal rytíř protestantského vyznání Jasper van Lynden. Téhož roku přijato nové nařízení, které povolovalo manželství komturům a zemskému komturovi, avšak za cenu toho, že řád opustí bez nárok na majetek. Usnesením z 13. listopadu1637 byl zákaz manželství zrušen zcela, což bylo schváleno státy Utrechtské unie5. května1640, takže novomanželé mohli zůstat v bailivě.
Protestantský řád
V roce 1637 němečtí rytíři formálně přijali ochranu Spojených provincií nizozemských, sice byli nadále řádovými rytíři, ale nikoli římskými katolíky. O přijetí do řádu rozhodovali zemský komtur a ostatní komtuři. Kandidát musel předložit křestní list a patřit k reformované církvi. Po splacení předepsaných poplatků se kandidáti stávali rytíři a museli čekat na uvolněné místo mezi komtury.
Mezitím bailiva pozvolně přicházela o majetek. Řádový dům v Dierenu byl v roce 1629 zničen vojskem a znovu bylo třeba ho vystavět. Nový dům s panstvím byly prodány princi Oranžskému. V roce 1657 město Doesburg převzalo budovu komtura pro zřízení sirotčince. Řád přišel o kostel v Katwijku v roce 1674. Budovy, které byly příliš nákladné na údržbu, byly bourány, tj. Tiel (1682), Maasland (1721), Leiden (1730), Middelburg (1740) a Schoonhoven (1740). Nyní obvykle komtuři nebydleli ve svých komturiích a nemohli funkčně provádět finanční kontrolu. Na schůzi 23. září1760 byl jmenován generální správce, který se ujal veškeré finanční správy. Z komturů se stali čistě držiteli titulů a dostávali plat určený podle hodnosti a důležitosti komturství. Generální správce pobíral plat ve výši 6 % z celkových příjmů plus fixní poplatky za správu financí a údržbu domu v Utrechtu. Použití tohoto domu pro bankety, plesy a koncerty bylo zakázáno.
Zemský komtur, rytíři a zaměstnanci zůstali v Německém domě (Duitse Huis) až do roku 1807, kdy byl majetek prodán holandskému králi Ludvíkovi Bonapartovi za 50 000 zlatých. Poté se přestěhovali do domu v Haagu a všechen archiv si odnesli s sebou. Dne 27. února1811 byl Německý řád v Holandském království zrušen Francouzi a všechny jeho statky zkonfiskovány. Tehdejší zemský komtur baron Bentinck požádal Francouze o čas na vyřízení nutných záležitostí a tím se mu podařilo proces výrazně oddálit. Kniha z roku 1812 uvádí, že utrechtský soudní dvůr má v držení stále deset komturií.
Po porážce Napoleona a obnovení rodu Oranžových byla bailiva 8. srpna1815 královským dekretem Viléma I. obnovena. Členství se omezilo jen na luteránské šlechtice, ale v posledních letech bylo toto omezení zrušeno, nicméně členové se musí nadále prokazovat čtyřmi urozenými prarodiči a původem své rodiny před rokem 1795 jak po otcově tak matčině straně. V prosinci 1836 bylo hlavní sídlo řádu přesunuto zpět do Utrechtu. V roce 1995 se Německý řád přesunul zpět do komturského domu z 15. století na rohu Springweg a Walsteeg. Dnes se řád věnuje charitativní činnosti, což je pozůstatek z jeho původního poslání, nyní však bez válčení s nepřáteli víry. Řád pomáhá lidem se zdravotním postižením, bezdomovcům a drogově závislým. Je nejstarší charitativní organizací v Nizozemsku.