Okres leží východně od Vídně, se kterou přímou sousedí. Jeho dalšími sousedy jsou: na východě Slovensko, částečně má hranici přímo s Bratislavou (tím pádem sousedí se dvěma hlavními evropskými městy), na jihu je jeho sousedem okres Bruck an der Leitha, na západě Korneuburg. Na severozápadě hraničí s okresem Mistelbach. Na území okresu se také nachází trojmezí Rakousko x Slovensko x Česko v lužních lesích u Lanžhota (Pohansko). Vzdálenost okresního města od zemského hlavního města Sankt Pöltenu je asi 100 km.
Povrch okresu
Jižní část okresu tvoří plochá nížina Moravského pole. Při severozápadní hranici okresu se povrch zvedá do mírné pahorkatiny Weinviertelu. Ze dvou stran je okres vymezen velkými řekami: Dunajem z jihu (hranice s okresem Bruck an der Leitha) a Moravou z východu (hranice se Slovenskem). Nejvýznamnějšími toky protékajícími skrze území okresu jsou Rußbach a na severu Zaya.
Správní členění
Okres Gänserndorf se člení na 44 obcí, mezi nimi je 5 měst a 26 městysů. V závorkách je uveden počet obyvatel.