Při interpretaci výsledků výstupu polygrafu se v kriminalistice využívá forenzní analýzy. Polygraf sám o sobě nedokáže sdělit, zda sledovaná osoba lhala, nebo ne, závěr musí učinit člověk na základě zjištěných údajů. Otázky vybírá vyšetřovatel spolu s psychologem a vlastní vyšetření přístrojem provádí školená odborná obsluha (na rozdíl od formy volené v televizních seriálech a detektivních románech). V ČR je fyziologické vyšetřování postavené na principu dobrovolnosti, to znamená, že jeho odmítnutí nemá na podezřelou osobu negativní vliv. Polygraf v ČR není zákonem stanoveným důkazním prostředkem. Přesto platí, že důkazem může být v trestním právu cokoli, včetně výsledků polygrafu, co může sloužit k objasnění skutku a osoby pachatele (platí však volné hodnocení důkazů).
