Yn 49 CC, croesodd Cesar a'i fyddin Afon Rubicon, y ffin rhwng ei dalaith ei hun a'r Eidal, gan ddechrau rhyfel cartref yn Rhufain. Cymerodd Pompeius blaid y Senedd, yn erbyn Cesar.
Enciliodd Pompeius i Brundisium cyn croesi i Wlad Groeg, a'r rhan fwyaf o Senedd Rhufain gydag ef. Croesodd Ceasr a'i fyddin ar ei ôl. Gorchfygwyd Pompeius gan Cesar ym Mrwydr Pharsalus, a ffôdd Pompeius i'r Aifft. Pan gyrhaeddodd yno, llofruddiwyd ef ar orchymyn y brenin Ptolemi XIII. Gadawodd hyn Cesar yn feistr ar Rufain.
