Rhan o'r system endocrin ydyw'r chwarrennau endocrin (Sa: endocrine glands) sy'n secretu hormonnau'n uniongyrchol i'r gwaed yn hytrach na thrwy bibell. Prif chwarrennau'r endocrin ydyw'r chwarren bitwidol, y pancreas, yr ofaris a'r ceilliau; a hefyd y theiroid a'r chwarren adrenal. Organ niwroendocrin ydyw'r hypothalmws. Ceir ychydig o weithgareddau endocrinaidd yn y stumog hefyd sy'n cynhyrchu hormonnau megis ghrelin.
Ceir negeswyr cemegol hefyd nad ydynt yn perthyn i'r system endocrin, gan gynnwys otocrinau a'r paracrin.