Mae hanes Andorra yn cychwyn gyda'r traddodiad fod Charlemagne (Siarlymaen), brenin Ffrainc, wedi cyflwyno siartr i bobl Andorra yn gyfnewid am eu cymorth yn ei ryfeloedd yn erbyn y Mwslemiaid yn Sbaen. Yn nes ymlaen pasiodd arglwyddiaeth y wlad i Gownt Urgell ac yna i esgobesgobaeth Urgell.
Yn yr 11g cododd ymrafael am arglwyddiaeth Andorra a gafodd ei datrys yn 1278 trwy arwyddo paréage, a olygai fod sofraniaeth Andorra yn cael ei rhannu rhwng cownt Foix (yn ddiweddarach, gan frenin Ffrainc ac wedyn pennaeth Gweriniaeth Ffrainc) ac esgob La Seu d'Urgell, yng Nghatalonia. Roedd hyn yn fodd i ddiffinio tiriogaeth a statws Andorra.
Cafodd Andorra ei chymryd drosodd ddwywaith gan Aragon, yn 1396 a 1512. Gyda'r blynyddoedd, pasiodd arglwyddiaeth Andorra i frenhinoedd Navarre, Sbaen. Pan ddaeth Harri o Navarre yn frenin Ffrainc fel Harri IV o Ffrainc, cyhoeddodd edict yn 1607 yn cadarnhau Esgob Urgell a phennaeth Ffrainc yn gyd-dywysogion Andorra.
Baner Andorra ar falcon tŷ: mae'r Andoriaid yn hoff o'u hannibyniaeth
Er i Andorra ddatgan rhyfel ar yr Almaen yn y Rhyfel Byd Cyntaf, ddaru hi ddim cymryd rhan yn yr ymladd. Yn 1933 meddiannodd Ffrainc Andorra oherwydd ansefydlogrwydd y wlad. O 1936 hyd 1940, bu corfflu o filwyr Ffrengig yn y wlad oherwydd ofnau am Rhyfel Cartref Sbaen a dylanwad Franco.
Yn yr Ail Ryfel Byd, arosodd Andorra yn niwtral a daeth yn llwybr smyglo pwysig rhwng y Ffrainc Vichy a Sbaen.
Moderneiddwyd cyfansoddiad Andorra yn llwyr yn 1993, pan ddaeth yn aelod o'r Cenhedloedd Unedig.
