Byen blev grundlagt i 122 f.Kr. ved en varm vandkilde af den romerske konsulen Sextius Calvinus, som opkaldte byen efter sig selv og vennen, Aquae Sextiae. I 300-tallet havde byen vokset til metropolen Narbonensis Secunda. I middelalderen var Aix hovedstad i den tidlige provinsen Provence. Byen var størst fra 1100-tallet af, da den var et lærings- og kulturcenter under huset Aragon og Anjou.
Ligesom resten af Provence, kom byen under den franske krone i 1487 og i 1501 oprettede Louis XII parlamentet i Provence, som eksisterede frem til 1789.
