Han kaldtes da til Leipzig for der at virke først som dirigent, siden udelukkende som universitetslærer og forfatter. Hans ry i denne sidste egenskab voksede efterhånden således, at han i 1904 ansattes som professor ved Berlins Universitet, hvorsteds han tillige efter Joachims død (1909) blev direktør for Hochschulen, en stilling han under de nye forhold i Tyskland nedlagde i 1920.
Kretzschmar indtog en førerstilling blandt samtidens musikhistoriske forskere og skribenter; hans arbejder udmærker sig ikke alene ved kundskabsfylde, selvstændighed i opfattelsen og grundighed af undersøgelserne, men også ved den (blandt tyske musiklærde) ikke almindelige klare, livfulde, ofte originale fremstilling og stil.
Foruden talrige værdifulde artikler og afhandlinger i fagskrifter, der tildels er samlede i 2 bind Gesammelte Aufsätze, har Kretzschmar skrevet en monografi om Peter Cornelius, de betydelige, meget benyttede og ofte oplagte bind: Führer durch den Concertsaal (I Symphonie und Suite, II Kirchliche Werke), Geschichte des neuen deutschen Liedes (ufuldendt, I bind udkom 1911) og Geschichte der Oper (1919).
