Ortopædkirurgi (alle typer knoglebrud, udskiftning af hofte- og skulderled, amputationer samt udskiftning af allerede indsatte hofteproteser).
Medicinske sygdomme (sygdomme i hjerte, mave, tarm, lever, lunge, nyre, ryg, hormon- og stofskifte samt gigt).
Kvindesygdomme, graviditet og fødsler (fødselshjælp, barselspleje, nakkefolds- og misdannelsesscanning samt sygdomme i underlivet).
Børne- og ungesygdomme (et tilbud til de 0 - 18-årige med medicinske sygdomme samt nyfødte og for tidligt fødte børn).
Arbejds- og socialmedicinske sygdomme (arbejdsrelaterede problemer som eksempelvis stress og fysisk belastning).
Sygehuset har desuden en Enhed for Tværfaglig Udredning og Behandling, hvor patienter får foretaget alle undersøgelser/behandlinger efter princippet "Samme dag under samme tag".
Sygehuset har også en række specialiserede behandlingstilbud, hvor patienter ofte henvises fra hele Region Sjælland:
Effektiv behandling af svær overvægt hos børn og unge.
Udredning af multisyge patienter (co-morbiditet)
Derudover er det ene af regionens to voldtægts centre placeret på Holbæk Sygehus.
På Holbæk Sygehus er forskning prioriteret meget højt på tværs af alle afdelinger. Forskningen foregår i samarbejde med andre forskningsinstitutioner i Danmark og forskere fra både ind- og udland.
Holbæk Sygehus har i 2015 åbnet Forskningens Hus, der skal styrke forskningsmiljøet på sygehuset.
Holbæk Sygehus er desuden et stort uddannelsessted for mange forskellige faggrupper. Fra læge- og sygeplejerskestuderende til social- og sundhedsassistenter, bioanalytikere, fysio- og ergoterapeuter, radiografer, lægesekretærer, reddere, serviceassistenter m.fl.
Fremtidens sygehus
Alle eksisterende behandlingstilbud fortsætter på Holbæk Sygehus efter 2022. Bygningsmæssigt skal sygehuset udvikles, så de fysiske rammer gør det nemmere at drive et sygehus med patientens behov i fokus. Det kan eksempelvis ske med fleksible sengeafsnit, hvor patientens behov definerer opgaverne.