Wouters spillede desuden 70 kampe og scorede fire mål for det hollandske landshold, som han debuterede for 10. november 1982 i en venskabskamp mod Frankrig.[3] Han var en del af den hollandske trup, der vandt guld ved EM i 1988 i Vesttyskland.[4] Her spillede han alle hollændernes fem kampe, heriblandt finalesejren over Sovjetunionen. To år spillede han også alle sit lands kampe ved VM i 1990 i Italien.[5]
Wouters deltog ved sin anden EM-slutrunde under EM i 1992 i Sverige. Her var han på banen i alle holdets fire kampe, heriblandt semifinalenederlaget mod Danmark.[6] Han var ikke blandt de hollandske skytter i straffesparkskonkurrencen, som hollænderne tabte. Hans sidste internationale slutrunde med landet var VM i 1994 i USA, hvor han spillede fire af hollændernes fem kampe, blandt andet det dramatiske kvartfinalenederlag til de senere verdensmestre fra Brasilien.[7]
