Han var medlem af kommunestyret i Klaksvík 1984–1992. Mikkelsen var vicerepræsentant til Lagtinget fra Norðoyar2002–2008, og mødte fast for Anfinn Kallsberg 2002–2004 samt for Jógvan við Keldu 2004–2005. Mikkelsen blev i 2008 indvalgt på eget mandat. Han var formand for Lagtingets velfærdsudvalg 2008–2011 og fiskeriminister i Kaj Leo Johannesens anden regering 2011–2012. Mikkelsen var Fólkaflokkurins parlamentariske leder fra 2012, og fungerede også i denne rolle 2008–2011. Han blev genvalgt til lagtinget i 2015 og 2019.
1 Annika Olsen havde orlov fra lagtinget, mens hun er borgmester i Tórshavn. Jóhan Eli Lyngvej Poulsen afløste i lagtinget.2 Poul Michelsen forlod færøsk politik pga. sygdom i marts 2020. Ruth Vang afløste ham.