Baberowskis bedstefar var af polsk oprindelse, og han voksede op i et katolsk og socialdemokratisk arbejdermiljø. Som skoleelev blev han medlem af den maoistiske gruppe Kommunistischer Bund Westdeutschland, men han tog senere afstand fra sine holdninger i ungdomsårene. Han studerede historie og filosofi ved Georg-August-Universität Göttingen fra 1982 til 1988. Som studerende lærte han også russisk, og han skrev speciale om "politisk justits" i de sene år af Det Russiske Kejserrige. Fra 1989 var han forsker på østeuropæisk historie ved Johann Wolfgang Goethe-Universität i Frankfurt am Main, og han tog sin doktorgrad der i 1993 med afhandlingen Autokratie und Justiz im Zarenreich. Han blev ansat ved Institut for østeuropæisk historie ved Eberhard Karls Universität Tübingen i 1993, og han tog sin habilitation i 2000 med afhandlingen Auf der Suche nach Eindeutigkeit, der udkom som bog med titlen Der Feind ist überall: Stalinismus im Kaukasus. Han har gennemført arkivstudier i Aserbajdsjan, Finland, Rusland og andre lande.
Han blev udnævnt til professor i østeuropæisk historie ved Leipzig Universitet i 2001 og professor i samme fag på Humboldt-Universität zu Berlin det følgende år, hvor han har opbygget et stort forskningsmiljø for kommunismens historie i Østeuropa. Baberowski var direktør for Institut for Historie i perioderne 2004–2006 og 2008–2009, og dekan for Det Filosofiske Fakultet 2009–2010. Han har også været formand for Forum Geisteswissenschaften ved Humboldt-Universität.[2]
På bogmessen i Leipzig i 2012 modtog han prisen for faglitteratur for bogen Verbrannte Erde: Stalin Herrschaft der Gewalt.[3]
Bibliografi
Autokratie und Justiz. Zum Verhältnis von Rechtsstaatlichkeit und Rückständigkeit im ausgehenden Zarenreich 1864-1914, Frankfurt/M. (Klostermann) 1996, ISBN3-465-02832-5.
Zivilisation der Gewalt. Die kulturellen Ursprünge des Stalinismus (2003)
Der Feind ist überall. Stalinismus im Kaukasus, Munich (DVA) 2003, ISBN3-421-05622-6.
Der rote Terror. Die Geschichte des Stalinismus, Munich (DVA) 2003, ISBN3-421-05486-X.
Der Sinn der Geschichte. Geschichtstheorien von Hegel bis Foucault, Munich (C.H. Beck) 2005, ISBN3-406-52793-0.
Jörg Baberowski und Anselm Doering-Manteuffel: Ordnung durch Terror. Bonn (Dietz) 2006, ISBN3-8012-0368-9.
Moderne Zeiten? Krieg, Revolution und Gewalt im 20. Jahrhundert, Göttingen 2006, ISBN3-525-36735-X.
Verbrannte Erde. Stalins Herrschaft der Gewalt, Munich (C.H. Beck) 2012, ISBN978-3-406-63254-9.
